上海治疗先天性心脏病比较好的三甲医院有1、复旦大学附属中山医院，2、上海市第六人民医院东院，3、上海市普陀区中心医院，4、上海市同济医院，5、复旦大学附属儿科医院等，先天性心脏病属于儿科，复旦大学附属中山医院儿科疾病医疗设施齐全，在儿科疾病治疗方面有着丰富的经验；上海市第六人民医院东院儿科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名复旦大学附属中山医院儿科
复旦大学附属中山医院是国家卫生和计划生育委员会预算管理单位，是复旦大学的附属综合性教学医院。医院开业于1937年，是当时中国人管理的第一所大型综合性医院，隶属于国立上海医学院，医院设有除儿科以外的所有科室、综合实力雄厚。心脏、肝癌、肾脏和肺部疾病诊治是医院的重点和特色，诊治水平始终处于国内领先地位。国家临床重点专科18个：消化科、检验科、麻醉科、心血管内科、内分泌科、胸外科、心脏大血管外科、临床护理、中医脑病科、呼吸内科、肾病科、普通外科、重症医学科、肿瘤科、医学影像科、器官移植科、急诊医学科和神经内科。心血管病和肝肿瘤为上海市临床医学中心。
第二名上海市第六人民医院东院儿科
上海市第六人民医院东院、上海交通大学附属第六人民医院东院拥有省部级以上重点学科（专科）（骨科、内分泌代谢学科、耳鼻咽喉科、医学影像学科）列为重点学科，同时注重发展具有区域特色的学科及专业，6个院级特色学科（肿瘤内科、神经外科、麻醉科、心血管内科、呼吸内科、妇产科）。建立了以重点学科、特色学科、专业学科为梯度结构的学科建设基本框架，明确未来几年的学科发展方向。
第三名上海市普陀区中心医院儿科
上海市普陀区中心医院（上海中医药大学附属普陀医院）始建于1957年，占地面积2.72万平方米，业务用房11万平方米，核定床位1000张，实际开放床位1300张，急诊床位160张，年出院3.5万人次，年手术2万例，年门急诊逾215万人次，是一所集医、教、研、防于一体的大型三级综合性医院，并且是上海中医药大学附属普陀医院、上海市第六人民医院联合共建医院、安徽医科大学临床医学院。
第四名上海市同济医院儿科
上海同济医院位于上海市普陀区,是该区唯一一所集医疗、教学、科研、预防为一体的三级甲等综合性医院,目前在医疗特色与学科建设等方面已呈现了较强的优势,形成了以心血管内科、骨科和消化内科为重点的优势学科群,及以精神医学科、影像医学科、妇产科和小儿科为代表的特色专科群。同时,为配合区域医疗卫生规划的要求,与各社区卫生中心形成良好的双向转诊关系,承担了周边地区的一、二级医院疑难重危病人的会诊、指导、培训等一系列医疗任务,在上海市西北地区的医疗卫生事业发展中发挥了重要作用。
第五名复旦大学附属儿科医院儿科
复旦大学附属儿科医院创建于1952年，由西门妇孺医院分院、中国红十字会第一医院儿科和中山医院儿科合并而成，原名上海第一医学院附属儿科医院，医院专业设置齐全，共有45个临床医技科室，2010年、2011年、2013年先后有7个专科被确定为国家临床重点专科，包括：新生儿、重症医学科、小儿消化科、中医儿科、新生儿疾病重点实验室、临床护理、小儿外科。新生儿、外科、心血管、传染病等专业曾先后被列为卫生部临床学科重点专业，新生儿科是上海市医学重点学科，儿科学是上海市重中之重重点学科，小儿外科是上海市小儿外科疑难重症临床医学中心，呼吸急救专业是上海市医学领先专业。 [收起]