江苏南京治疗先天性心脏病比较好的三甲医院有1、江苏省妇幼保健院，2、南京市第一医院，3、南京医科大学附属儿童医院，4、南京脑科医院，5、中国人民解放军东部战区空军医院（原解放军四五四医院）等，先天性心脏病属于儿科，江苏省妇幼保健院儿科疾病医疗设施齐全，在儿科疾病治疗方面有着丰富的经验；南京市第一医院儿科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名江苏省妇幼保健院儿科
江苏省妇幼保健院（江苏省人民医院妇幼分院、江苏省妇幼卫生保健中心）是我省唯一的省级妇幼保健院，是一所集妇幼医疗、保健、科研、教学、康复及业务指导培训为一体的三级甲等妇幼保健机构，现有床位800张，实际开放病床580张。现有工作人员1065人，其中卫技人员858人，高级职称201人，博士生导师11人、硕士生导师35人。
第二名南京市第一医院儿科
南京市第一医院（南京医科大学附属南京医院、中国药科大学南京市第一医院），是卫生部首批三级甲等综合性医院。现有国家重点学科1个，国家临床重点专科1个，江苏省医学重点学科4个，江苏省专科（病）诊疗中心1个，南京医科大学重点学科4个，江苏省省级临床重点专科20个，南京市医学重点学科2个，南京市医学重点专科8个，博士培养点14个，硕士培养点30个，国家级博士后科研工作站1个，院士工作站6个。
第三名南京医科大学附属儿童医院儿科
南京医科大学附属儿童医院（江苏省儿童医学中心、南京市儿童医院）是一所集医疗、科研、教学、康复、保健为一体的大型综合性三级甲等儿童医院。拥有26个临床专科，其中1个国家级临床重点专科、12个省级临床重点专科、14个市级临床重点专科、2个省“科教强卫工程”医学重点学科、1个省“科教强卫工程”医学创新团队、1个省妇幼重点学科。
第四名南京脑科医院儿科
南京脑科医院又名南京医科大学附属脑科医院、江苏省精神卫生中心，始建于1947年，医院分为南、北两个院区，拥有员工近2200人，床位近2000张，承担着南京市、江苏省乃至全国神经、精神、胸部疾病的医疗、康复、预防、教学、科研和司法鉴定等任务。同时承担着相关政府指令性工作及突发应急事件的心理救援等处置任务，在国家重大城市任务和突发公共卫生事件处置中，发挥社会维稳作用。
第五名中国人民解放军东部战区空军医院（原解放军四五四医院）儿科
东部战区空军医院始建于1951年，是南京首批综合性三级甲等医院，是南京市城镇职工医保、居民医保定点医院，南京市急救站分站，南京市劳动能力鉴定检查定点医院，省、市“三信三优”单位，省新农合省级联网医院，全军第二批宇航员遴选体检定点医院，全军交通医学研究所南京临床基地，安徽医科大学临床医院，第二、第四军医大学、江苏大学医学院、皖南医学院、蚌埠医学院、吉林医药学院教学医院医院率先导入国际先进的质量管理体... [收起]