北京治疗肺芽生菌病比较好的三级医院有1、中国医科大学航空总医院，2、清华大学第一附属医院，3、民航总医院，4、首都医科大学附属北京潞河医院，5、北京市房山区良乡医院等，肺芽生菌病属于内科，中国医科大学航空总医院内科疾病医疗设施齐全，在内科疾病治疗方面有着丰富的经验；清华大学第一附属医院内科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名中国医科大学航空总医院内科
中国医科大学航空总医院成立于1972年，隶属于世界五百强企业——中国航空工业集团公司，历经四十余年发展，医院已成为集医疗、教学、科研、预防为一体的大型公立三级综合医院、中航工业医疗行业龙头医院、北京市北苑地区医疗中心、联合国儿童基金会和国家卫计委联合授予的“爱婴医院”、中国医院协会授予的“全国百姓放心示范医院”、北京市卫生局授予的“平安医院”、北京市首批社会医疗保险定点医疗机构、全国无烟医院、中国医科大学非直属附属医院、北京中医药大学和四川大学华西口腔医学院教学医院。
第二名清华大学第一附属医院内科
　　北京华信医院(清华大学第一附属医院)是集医疗、教学、科研和预防保健为一体的三级综合医院。是清华大学领导下的国家一类事业法人单位。院长为著名的心血管外科专家吴清玉教授。 　　医院前身为国家信息产业部(前为四机部、机电部、电子工业部)的直属医院，创办于1959年2月，曾称为电子总医院、401医院、北京酒仙桥医院。1994年被北京市卫生局评定为三级医院和爱婴医院，1995年起被北京市列为大...
第三名民航总医院内科
民航总医院建立于1982年，位于北京市朝阳区东部，是一所设备先进、科室齐全、服务优良、集医教研防于一体的三级综合医院。我院部分学科的技术水平和病人规模已达到北京市三甲医院水平，在航空疾病的诊疗护理与研究工作方面位居行业领先地位。并且在积极的申请三级甲等医院的评审。
第四名首都医科大学附属北京潞河医院内科
首都医科大学潞河教学医院始建于1878年，是一家有着130余年历史的医院，医院占地面积60亩，正在建设的门诊综合楼建成后建筑面积达11万多平方米。医院现有员工2300余人，设有27个临床科室，20个科室三级专业分科已发展成熟，7个科室在2013年已经完成三级专业分科。全院有26项医疗技术项目达到国际先进水平，90％的技术项目达到三甲医院水平，100％达到三级医院水平。
第五名北京市房山区良乡医院内科
北京市房山区良乡医院始建于1949年，地处良乡卫星城中心地段，现有职工1736人，其中专业技术人员1481人，高级技术职称人员125人，博士生5人，硕士生51人;年门诊量149万人次，年住院病人数2.42万人次。心内科、儿科、妇产科、骨科、普外科等重点专业学科在介入治疗、腔镜技术、神经外科显微手术方面取得了长足发展，先后开展了心血管介入、冠脉搭桥、心脏临时与永久起搏器植入、外周介入、全脑血管造影以及腹腔镜、胆道镜、胰十二指肠镜三镜联合技术治疗肝胆胰疾病，腹腔镜、宫腔镜下子宫全切术，食道癌、肺癌、宫颈癌、喉癌等根治术，肝癌经皮穿刺射频治疗术，显微微创椎间盘术，食道胃底静脉曲张套扎及硬化治疗术，非脱垂性子宫经阴道全子宫切除术，显微镜下经单鼻孔蝶窦切除垂体腺瘤，输尿管镜气压弹道碎石及经皮肾超声气压弹道碎石等多项新技术。 [收起]