浙江治疗肠道菌群失调比较好的三甲医院有1、杭州市红十字会医院，2、浙江省立同德医院，3、浙江省中山医院，4、浙江大学医学院附属妇产科医院，5、杭州市中医院等，肠道菌群失调属于内科，杭州市红十字会医院内科疾病医疗设施齐全，在内科疾病治疗方面有着丰富的经验；浙江省立同德医院内科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名杭州市红十字会医院内科
浙江省中西医结合医院，又名杭州市红十字会医院、浙江中医药大学附属中西医结合医院、杭州师范大学附属红十字会医院，是全国首家三级甲等中西医结合医院，前身为1928年法国天主教会修女创办的仁爱医院，迄今已有80余年的历史，是一所集医疗、科研、教学、预防保健于一体的现代化综合性医院。1994年医院被评为三级甲等中西医结合医院，2007年医院被国家中医药管理局批准为全国重点中西医结合医院建设单位，浙江省中医（中西医结合）“名院”建设单位。医院位于杭州市中心，毗邻钱江
第二名浙江省立同德医院内科
浙江省立同德医院是浙江省卫生健康委员会直属的三级甲等中西医结合医院，现拥有2个国家临床重点专科（中西医结合肿瘤科、情志病学），1个国家重大疑难疾病中西医临床协作试点项目（重度抑郁症），8个国家中医药重点学科专科（肿瘤科、肾病科、消化科、重症医学科、精神卫生科、针灸科、中医文献学、中医心理学），43个厅局级重点学科专科。1个国家中医药三级实验室（中药化学），2个省部级重点实验室（省中西医结合肿瘤防治技术研究重点实验室、省中药新药研发重点实验室），7个厅局级重点实验室。同时，拥有科技部国家中药现代化科技产业基地、国家药物临床试验机构、博士后科研工作站、浙江省中药新药研究中心等机构。
第三名浙江省中山医院内科
浙江省中山医院是浙江中医药大学直属的综合性中医医院，浙江省卫健委批准的三级乙等中医医院，也是国家中医药管理局评定的全国首批三级甲等中医医院，以鲜明的中医药特色和突出的针灸、推拿、康复、骨伤专科优势享誉省内外。浙江省针灸学会及其针刀分会、经络养生分会，浙江省中医药学会及其整脊分会、推拿分会，浙江省康复医学会中西医结合专业委员会等均挂靠在我院。2017年，首批入选国家重点中医院项目储备库。
第四名浙江大学医学院附属妇产科医院内科
浙江大学医学院附属妇产科医院（浙江省妇女保健院、浙江省妇女医院）是浙江省妇产科医疗、教学、科研及计划生育、妇女保健工作的指导中心。三级甲等妇产科医院，设有妇科、妇科肿瘤科、产科、新生儿科、生殖内分泌科、计划生育科、妇女保健部、外科、内科、中医科、麻醉科、门急诊科等临床科室以及检验科、超声诊断科、放射科、病理科、药剂科、生殖遗传科等医技科室。拥有浙江省医学重点学科群1个（生殖医学）；浙江省医学重点学科7个，其中重点支撑学科4个（妇科肿瘤学、计划生育学、产科学、生殖内分泌学）、创新学科3个（妇科微创学、普通妇科学、围产护理学）。
第五名杭州市中医院内科
杭州市中医院创建于1952年5月，是华东地区较早建立的医院之一，现为三级甲等中医院和全国示范中医院。医院整体技术实力、业务工作量、综合服务能力排名全国中医医疗系统名列前茅，在中医界和百姓中享有较高的声誉。医院设有武林、丁桥两个院区以及广兴堂国医馆、山水人家诊所、制剂中心，实行一体化管理。医院拥有临床、医技科室近百个，开放床位1500张。医院现有职工2300余人，拥有国家、省、市级名中医30余人，高级职称400余人，博士生60余人，硕士生400余人。医院拥有数台DSA、核磁共振、全数字乳腺钼靶X线 [收起]