全国治疗甲亢比较好的三甲医院有1、北京协和医院，2、四川大学华西医院，3、上海交通大学医学院附属瑞金医院，4、海军总医院，5、中日友好医院等，甲亢属于内分泌科，北京协和医院内分泌科疾病医疗设施齐全，在内分泌科疾病治疗方面有着丰富的经验；四川大学华西医院内分泌科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名北京协和医院内分泌科
北京协和医院是集医疗、教学、科研于一体的现代化综合三级甲等医院，是国家卫生健康委指定的全国疑难重症诊治指导中心，最早承担高干保健和外宾医疗任务的医院之一，也是高等医学教育和住院医师规范化培训国家级示范基地，临床医学研究和技术创新的国家级核心基地。以学科齐全、技术力量雄厚、特色专科突出、多学科综合优势强大享誉海内外。在复旦大学医院管理研究所公布的“中国医院排行榜”中连续十年名列榜首。
第二名四川大学华西医院内分泌科
现有教育部国家重点学科9个，重点培育学科2个；有国家卫生计生委国家临床重点专科32个，数量名列全国医院第一；在复旦大学中国最佳专科声誉和最佳医院排行榜上，连续九年名列全国第二。领军人才方面：有两院院士2人、973首席科学家3人、长江学者12人、国家杰出青年科学基金获得者14人、省级学术技术带头人121人；31人担任国家级学会/协会主委、副主委，259人担任省级学会/协会主委、副主委。
第三名上海交通大学医学院附属瑞金医院内分泌科
上海瑞金医院建于1907年,原名广慈医院,是一所三级甲等大型综合性教学医院。医院设有34个临床科室、9个医技科室;现有国家教育部重点学科3个(内分泌、血液、消化),上海市重中之重学科1个(血液),上海市重点学科1个(内分泌),上海市优势学科一个(肾脏),上海市教委重点学科6个(消化外科、血液科、内分泌科、骨科、烧伤科、心脏内科),上海市卫生局医学领先专业重点学科3个(消化外科、血液科、肾脏内科)。
第四名海军总医院内分泌科
肩负着神圣使命的中国人民解放军海军总医院，迎着共和国的旭日，沿着中国人民解放军海军发展壮大的轨迹，自1954年周恩来总理亲自批准建院以来，经过几代人的艰苦创业和不懈奋斗，以“至精、至诚、至爱、至和”为院训，以“面向海洋、面向官兵、面向患者、医德高尚、医术精湛、医风和谐”为院风，现已建成集医疗、保健、教学、科研、预防为一体的大型现代化综合性三级甲等医院。
第五名中日友好医院内分泌科
中日医院现编制床位1610张（含北区、西区），集医疗、教学、科研和预防保健等多项功能为一体，并承担中央保健医疗任务、国家卫生应急救援队任务，附设中日友好临床医学研究所，同时还是世界卫生组织戒烟与呼吸疾病预防合作中心、国家卫生计生委远程医疗管理与培训中心。 [收起]