全国治疗儿童孤独症比较好的三级医院有1、深圳市康宁医院，2、北京老年医院，3、北京市昌平区中西医结合医院，4、武汉市精神卫生中心，5、哈尔滨市普宁医院等，儿童孤独症属于精神科，深圳市康宁医院精神科疾病医疗设施齐全，在精神科疾病治疗方面有着丰富的经验；北京老年医院精神科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名深圳市康宁医院精神科
深圳市精神卫生中心(深圳市康宁医院)是深圳市卫生人口计生委直属医疗卫生单位,三级医院,深圳市精神卫生中心业务科室设置分为三个系列：临床服务系列、社会防治系列、科学研究系列。临床服务系列：门诊部设有普通精神科、老年精神科、心理咨询科、心理评估科、儿童心理科、儿童心理康复教育训练科以及情感障碍专病门诊、睡眠障碍专病门诊、法医精神病司法鉴定所等。住院部设有1个全开放的心理治疗病区(一病区)和4个部分开放的精神科病区(二至五病区)。社会防治系列：设心理危机干预部、心理培训部、精神康复部、健康教育部、社区督导部、流调监测部等。精神卫生公共卫生的重要组成部分。
第二名北京老年医院精神科
北京老年医院是市属三级医院、是北京中医药大学附属医院。医院担负着老年人急诊医疗、急性后期康复、临终关怀、慢病管理和健康体检等任务;是北京市老年卫生服务指导中心，承担全市医护人员老年医学的培训任务;是北京老年健康服务体系建设的龙头单位，也是全国老年医院联盟理事长单位。
第三名北京市昌平区中西医结合医院精神科
北京市昌平区中西医结合医院（原北京市昌平区华一医院），始建于1974年。自2009年以来，因主要以中西医结合治疗精神病、骨伤病、脑病为医疗特色。
第四名武汉市精神卫生中心精神科
武汉市精神卫生中心（武汉市心理医院）是湖北省最大的一所“三级甲等”精神专科医院，担负着武汉市及省内外其他地区精神疾病和心理障碍的健教、防治、康复、教学、科研和培训等任务。中心同时挂牌：华中科技大学同济医学院附属精神卫生中心、武汉市药物依赖治疗（戒毒）中心等。中心建于1956年10月，核定床位950张，设置院区两个（六角亭院区和工农兵院区），其中工农兵院区于2013年8月启用。中心平均年门诊量30万余人次，年收治病人近6000人次，精神科床位使用率140％左右。
第五名哈尔滨市普宁医院精神科
哈尔滨市普宁医院始建于1956年，是隶属于哈尔滨市民政局的国家二级社会福利事业单位，承担着哈尔滨市8区10县（市）“三无”（无法定监护人、无劳动能力、无经济来源）精神病人、享受最低生活保障的精神病人、社会流浪无主精神病人以及社会中精神病人的收治、康复任务。经过50多年的建设，医院现已成为一所集医疗、科研、教学、康复、社区服务为一体的卫生系统三级精神病专科医院，并成为齐齐哈尔医学院的教学医院、哈尔滨市低保大病救助定点医院、哈尔滨市首批医疗保险定点医院和黑龙江省医疗保险定点医院。 [收起]