福建治疗小儿两性畸形比较好的三甲医院有1、福建省福州肺科医院，2、福建省妇幼保健院，3、福州妇幼保健院，4、厦门大学附属第一医院，5、中山医院等，小儿两性畸形属于外科，福建省福州肺科医院外科疾病医疗设施齐全，在外科疾病治疗方面有着丰富的经验；福建省妇幼保健院外科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名福建省福州肺科医院外科
福建省福州肺科医院又名福建省福州结核病防治院，创建于1952年，建院六十多年来，不忘初心，不懈努力，成为一所集医疗、预防、科研、教学为一体的现代化三级甲等专科医院，主要诊疗特色为呼吸系统领域常见病、多发病和疑难危重疾病及其它相关疾病的诊断和治疗。医院是全省结核病、呼吸疾病、肺部肿瘤、肺部外科等诊疗、科研与教学中心，承担福建省、福州市肺部疾病会诊任务，是福建省烈性呼吸道传染性疾病定点收治单位。
第二名福建省妇幼保健院外科
福建省妇幼保健院（福建省妇儿医院）位于道山路18号。为全国首家三级甲等妇幼保健院，全国首批爱婴医院。占地面积约2.97万平方米，建筑面积8.97万平方米，编制床位1000张，实际开放床位数950张。全院核定人员编制1346名，截至2018年12月31日共有职工1587人，其中编内1203人，编外384人，专业技术人员1478人，高级专家224人，其中正高64人，副高160人，有10名高级专家享受政府特殊津贴。2018年医院门诊量183.32万人次，住院人数5.80万人，分娩1.78万例，手术例数
第三名福州妇幼保健院外科
福州市妇幼保健院成立于1953年4月,为中国妇幼保健协会母胎医学分会副主任委员单位,中华医学会妇产科分会妊娠高血压疾病学组委员单位;福建省中西医结合妇产科分会副主任委员单位,福建省医学会妇产科分会、围产医学分会、遗传医学分会、计划生育分会、科普分会常委单位;福州市医学会围产医学分会主任委员单位;全国卫生产业企业管理协会盆底重建术培训基地,福州市儿童牙病防治中心挂靠点。医院坚持以人民健康为中心,以“-切为了妇女、儿童健康”为宗旨,集保健与临床相结合的妇幼卫生工作方针,努力构建“大专科强保健”的医疗服务模式。
第四名厦门大学附属第一医院外科
医院有内、外、妇、儿、急诊、护理等25个临床教研室，现有临床教师1034人，博士生导师、硕士生导师107人，在院规培生及进修实习医学生1800余人（全市第1，全省第4）。现有20个国家级住院医师规范化培训基地，基地数量在闽西南地区最多最全。
第五名中山医院外科
厦门大学附属中山医院（以下简称中山医院）始建于1928年，由爱国华侨和地方知名人士为弘扬中山先生“天下为公，造福社会”的精神捐资兴建而成，时任厦门大学校长、医学专家林文庆博士出任首任院长，2005年成为厦门大学首家附属医院，现已发展成为拥有4个院区（院本部、金榜分部、厦禾分部、环东海域医院[在建]），5家社区卫生服务中心，集医疗、教学、科研、预防保健于一体的三级甲等综合性医院和世界知名高水平研究型大学附属医院。 [收起]