北京治疗肾结石比较好的三甲医院有1、北京中医药大学东直门医院东区，2、北京市第一中西医结合医院，3、北京复兴医院干部保健科 ，4、中国医学科学院肿瘤医院，5、中国人民解放军总医院第八医学中心等，肾结石属于外科，北京中医药大学东直门医院东区外科疾病医疗设施齐全，在外科疾病治疗方面有着丰富的经验；北京市第一中西医结合医院外科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名北京中医药大学东直门医院东区外科
北京中医药大学东直门医院东区(原北京市通州区中医医院)坐落于北京的东大门, 始建于1982 年，目前拥有专业技术人员557人，高级职称60人，中级职称152人，研究生78人，博士生8人。科室齐全，设心病科、脑病科、康复科、内分泌科、脾胃病科、肺病科、外科、妇科、肛肠科、骨伤科等二十余个科室，拥有国家级重点专科3个，为脑病科、肺病科、心病科。针灸推拿科为北京特色专科，区级重点专科3个。
第二名北京市第一中西医结合医院外科
北京市第一中西医结合医院，是一所由朝阳区政府主办的三级甲等中西医结合医院，集医疗、科研、教学、预防保健和急救为一体的公立医疗机构，设有心血管内科、内分泌科、骨伤科、脑病科、呼吸内科、外科、肾内科、眼科、儿科、妇产科等21个临床科室，11个病区，药剂科、检验科、放射科、病理科等9个医技科室，在原朝阳区体检中心基础上，积极发展中医预防保健工作，打造中西医结合特色突出的治未病科。
第三名北京复兴医院干部保健科 外科
　　首都医科大学附属复兴医院建于1950年，经过60多年的发展，现已成为集医疗、教学、科研、预防和社区卫生服务为一体的、拥有妇科内镜、心血管防治、危重症医学（ICU）、月坛社区服务等特色学科的三级综合医院。 　　医院建筑面积102133.71平方米，设有临床科室34个、医技科室9个，编制床位816张，开放床位798张。 　　全院有卫生技术人员1301人，其中高级技术人员184人，包括博士生导师3人...
第四名中国医学科学院肿瘤医院外科
中国医学科学院肿瘤医院，始建于1958年，原名日坛医院。1963年增设肿瘤研究所，此后又相继建立了河南林州、江苏启东等肿瘤高发防治现场。1983年迁至北京市东南龙潭湖畔，更名为中国医学科学院肿瘤医院肿瘤研究所，1996年通过三级甲等医院评审。中国医学科学院肿瘤医院是建国以来第一家肿瘤专科医院、亚洲地区最大的肿瘤防治研究中心，是国家临床医学研究中心、国家肿瘤规范化诊治质控中心、国家食品药品监督管理局认证的国家药物临床研究基地，是集医教研防于一体，全方位开展肿瘤相关基础研究和临床诊治的国家标志性肿瘤专科医院。
第五名中国人民解放军总医院第八医学中心外科
总参谋部总医院(解放军第309医院)是京西北地区唯一的三级甲等综合医院，医院目前展开床位1430余张，设置有国家和军队重点学科全军结核研究所、全军器官移植研究所、全军骨科中心等45个专业学科，年均门急诊约140余万人次、收容住院4万余人次、手术例数达2万余人次。 [收起]