重庆治疗新生儿柯萨奇病毒B感染比较好的医院有1、重医附二院，2、陆军军医大学第一附属医院，3、重庆医科大学附属第一医院，4、重庆医科大学附属儿童医院，5、重庆市传染病医院等，新生儿柯萨奇病毒B感染属于传染科，重医附二院传染科疾病医疗设施齐全，在传染科疾病治疗方面有着丰富的经验；陆军军医大学第一附属医院传染科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名重医附二院传染科
重庆医科大学附属第二医院专业设置齐全，有43个临床和医技科室。内科学（传染病）和神经病学为国家级重点学科，心血管内科、呼吸内科、肾病科(现更名为肾内科)、医学影像科（含放射科、超声科、核医学科）、感染病科为国家临床重点专科，妇产科、检验科、普外科（含肝胆外科、胃肠肛肠外科、血管疝腹壁外科、乳腺甲状腺外科）、老年科（现更名为老年病科）、消化内科、眼科为重庆市临床重点专科，中医康复科为国家中医药管理局“十二五”重点专科，中医脾胃病科为重庆市“十二五”中医重点专科。临床医学一级学科为省级重点学科，其覆盖的17个二级学科全部是省级重点学科；医学影像学、康复医学与理疗学、内科学（传染病学）和妇产科学为重庆市医学重点学科。
第二名陆军军医大学第一附属医院传染科
西南医院是一所集医、教、研于一体的大型综合性现代化三级甲等医院。拥有国家重点学科10个(烧伤科、肝胆外科、感染病科、泌尿外科、神经外科、骨科、胸心外科、整形外科、心血管内科、呼吸内科)，国家重点培育学科2个(消化内科、眼科)；国家中医药管理局重点学科1个(中西医结合科)，全军医学研究所7个(烧伤科、肝胆外科、感染病科、泌尿外科、消化内科、神经外科、病理科)，全军医学专科、专病中心7个(骨科、眼科、普通外科、检验科、妇产科、心血管内科、康复理疗科)。
第三名重庆医科大学附属第一医院传染科
重庆医科大学附属第一医院拥有国家卫健委“国家临床重点专科建设项目”17个（产科、检验科、重症医学、专科护理、内分泌科、心血管内科、胸外科、神经外科、麻醉科、神经内科、普通外科、眼科、呼吸内科、耳鼻咽喉科、肿瘤科、医学影像科、老年病科），数量居全国第12名。拥有国家中医药管理局“中医老年病重点专科”1个。获批卫生部培训基地14个，重庆市临床诊疗中心27个，重庆市医疗质量控制中心20个，重庆市专科护士培训基地10个。各学科均形成了自身的特色优势，综合诊断治疗水平居国内先进行列。
第四名重庆医科大学附属儿童医院传染科
重庆医科大学附属儿童医院于1956年由上海医学院儿科系迁渝创建，是集医教研为一体的国家三级甲等综合性儿童医院，国家临床医学研究中心。最早被国家授予儿科学硕士、博士学位授予点、博士后流动站，是首批儿科学国家重点学科、教育部重点实验室、国家级国际科技合作示范基地、国家一流本科专业建设点、国家级继续医学教育基地、国家级教学团队、国家精品课程、国家食品药品监督管理局药物临床试验机构、全国儿科唯一的住院医师规范化培训示范基地、国家级儿童早期发展示范基地、儿科唯一获得肝移植资质的儿童医院、国家干细胞临床研究备案机构；拥有5个重庆市重点实验室和3个工程中心,全国文明单位。在全国最佳医院排行榜中连续多年位居全国儿童医院第三位，2018年度儿内科综合排名居全国儿童医院第三位，儿外科居第三位，科研产出居第一位。2018年中国医院科技量值(SETM)排名中，我院综合居全国儿童医院第二位。    
第五名重庆市传染病医院传染科
重庆市公共卫生医疗救治中心，重庆市结核病治疗中心、重庆市传染病医院(原重庆市胸科医院、重庆市传染病医院)，市医保、合医定点医疗机构。医保报销级别二级，合医报销级别二级。对结核病、艾滋病、肝病等传染病拥有深长的治疗历史和丰富的临床经验，尤其对各种重症结核、耐药肺结核、结核性脑膜炎;各型肝炎、脂肪肝、药物性肝炎的诊治有独到之处。 [收起]