安徽治疗肾囊肿比较好的三甲医院有1、芜湖市中医医院，2、滁州市中西医结合医院，3、亳州市人民医院等，肾囊肿属于内科，芜湖市中医医院内科疾病医疗设施齐全，在内科疾病治疗方面有着丰富的经验；滁州市中西医结合医院内科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名芜湖市中医医院内科
安徽中医药高专附院芜湖市中医医院始建于1958年，建院至今有50年。是安徽省创办最早的中医院之一。医院拥有门诊综合楼、住院病房楼、急诊楼、制剂楼和行政楼等一批建筑群，业务用房面积近20000平方米，开设病床400张，设有20个主要临床科室、67个具有中医特色的专病门诊、15个医技科室。在编职工有515人，其中卫技人员427人，高级职称和知名专家70人，中级职称145名。人才济济,专家云集,各科专业技术人员形成梯队，技术力量雄厚。
第二名滁州市中西医结合医院内科
滁州市中西医结合医院于2004年10月，经安徽省卫生厅、滁州市人民政府批准，由原滁州市第三人民医院和原滁州市中医院合并组建而成。医院2005年8月开诊,是国家中医药管理局、国家发展和改革委员会确定的全国重点中西医结合医院、全国重点地市级中医院，同时也是安徽省内唯一的三级甲等中西医结合医院。医院呈一院两区格局，由总院和琅琊新区院区组成。总院座落于滁州市会峰东路788号，占地8.8万㎡，建成面积5万㎡，在建面积7.6万㎡。琅琊新区院区（琅琊区人民医院）位于滁河支路8号，按二级甲等综合性医院标准建设，建成面积6600㎡，由医院与琅琊区人民政府合作共建。
第三名亳州市人民医院内科
亳州市人民医院与共和国一同诞生，一起成长。经过近70年为百姓服务的征程，如今已发展成为集医疗、教学、科研、康复、急救、健康维护、司法鉴定于一体的国家三级甲等综合性医院和全国百姓放心百佳示范医院。医院现为安徽医科大学亳州临床学院和安徽理工大学附属亳州医院。 [收起]