北京海淀治疗肾囊肿比较好的三甲医院有1、中国人民解放军总医院第三医学中心，2、北京中西医结合医院，3、中国人民解放军总医院第八医学中心等，肾囊肿属于内科，中国人民解放军总医院第三医学中心内科疾病医疗设施齐全，在内科疾病治疗方面有着丰富的经验；北京中西医结合医院内科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名中国人民解放军总医院第三医学中心内科
解放军总医院第三医学中心（原武警总医院）目前已发展成为集医疗、保健、教学、科研、救援于一体的大型现代化综合性三级甲等医院，展开床位1380张。中心博士生导师12人，硕士生导师99人；36人获国务院政府特殊津贴，135人次获军队优秀人才岗位津贴，10人被评为“武警部队高层次专业技术人才”，4人被授予“全国优秀科技工作者”，2人获军队科技创新群体奖， 2人被列为中央保健委员会成员，先后有1人荣获第四十三届南丁格尔奖，2人当选为武警部队第十三届“中国武警十大忠诚卫士”，3人荣获军队杰出专业技术人才奖，1人被确定为“新世纪百千万人才工程”国家级人选，1人荣获中国医师奖，1人被评为全军领军人才。
第二名北京中西医结合医院内科
北京市中西医结合医院始建于1952年，地处长安街沿线，西四环外200米，位于北京市海淀区永定路东街3号，原名北京市第二疗养院;1956年迁至现址，1959年7月改名为北京市永定路医院;1989年纳入全国第一批中西医结合医院，获批更名为北京市中西医结合医院;1994年，遵循国家中医药发展战略，医院与北京中医药大学实现合作，成为北京中医药大学附属中西医结合医院;1996年医院挂牌全国专科疾病北京中医药治疗中心;2011年启动了博士后工作流动站工作;2016年医院成为国家中医药管理局第三批重点中西医结合医院;2016年11月，通过三级中西医结合医院等级评审，实现了医院跨越式发展。
第三名中国人民解放军总医院第八医学中心内科
总参谋部总医院(解放军第309医院)是京西北地区唯一的三级甲等综合医院，医院目前展开床位1430余张，设置有国家和军队重点学科全军结核研究所、全军器官移植研究所、全军骨科中心等45个专业学科，年均门急诊约140余万人次、收容住院4万余人次、手术例数达2万余人次。 [收起]