北京治疗胰腺囊肿比较好的三甲医院有1、中日友好医院，2、首都医科大学宣武医院，3、中国中医科学院广安门医院，4、首都医科大学附属北京友谊医院，5、北京市平谷区中医医院等，胰腺囊肿属于内科，中日友好医院内科疾病医疗设施齐全，在内科疾病治疗方面有着丰富的经验；首都医科大学宣武医院内科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名中日友好医院内科
中日医院现编制床位1610张（含北区、西区），集医疗、教学、科研和预防保健等多项功能为一体，并承担中央保健医疗任务、国家卫生应急救援队任务，附设中日友好临床医学研究所，同时还是世界卫生组织戒烟与呼吸疾病预防合作中心、国家卫生计生委远程医疗管理与培训中心。
第二名首都医科大学宣武医院内科
首都医科大学宣武医院创建于1958年，是一所以神经科学和老年医学的临床与研究为重点，以治疗心脑血管疾患为特色，承担医疗、教育、科研、预防、保健和康复任务的大型三级甲等综合医院。是新中国神经科学的初创基地和培育神经科学人才的摇篮之一,在国内有着重要学术地位。受国家卫生部委托，医院承办全国神经内科医师进修班、神经外科医师进修班、神经放射医师进修班，是国家级继续医学教育培训基地。
第三名中国中医科学院广安门医院内科
中国中医科学院广安门医院(暨中国中医科学院第二临床医药研究所)始建于1955年，是国家中医药管理局直属的集医疗、教学、科研和预防保健为一体的三级甲等中医医院，医院设有风湿病科、内分泌科、心血管科、肾内科、呼吸科、脾胃病科、外科、妇科、儿科、肛肠科、肿瘤科、眼科、骨科、皮肤性病科、泌尿男科、针灸科、耳鼻喉科、心理科、心身医学科、口腔科、手术麻醉科、急诊科、感染疾病科、肝炎门诊、肠道门诊和艾滋病。
第四名首都医科大学附属北京友谊医院内科
首都医科大学附属北京友谊医院原名为北京苏联红十字医院，始建于1952年。医院设有北京市临床医学研究所、北京热带医学研究所、北京市中西医结合研究所和北京市卫生局泌尿外科研究所，拥有一批学科带头人和技术骨干。胃肠肝胆胰疾病诊治、泌尿系统疾病诊治和肾移植、热带病和寄生虫病诊治以及中西医结合是医院的四大专业特色。内科学(消化系病)是国家重点(培育)学科;消化内科、临床护理、地方病(热带医学)、普通外科、重症医学科、老年病科、检验科、病理科获批国家临床重点专科。
第五名北京市平谷区中医医院内科
平谷区中医医院始建于1986年，是一所集中、西医医疗、康复、教学、科研为一体的综合性二级甲等中医医院，在医疗建设中，坚持以中医为主，中西医结合的方针，坚持突出中医特色和发挥中医药优势。以中药、针灸、推拿、康复训练、药治等中医传统疗法为主，结合现代医疗手段开展临床医疗。特别是在专科专病建设上，针灸科、康复科、推拿科、骨伤科、肛肠科等专科特色医疗，已被社会广泛认可。 [收起]