吉林治疗巴贝虫病比较好的三甲医院有1、吉林大学中日联谊医院，2、吉林大学第一医院，3、吉林省中医院，4、长春市中心医院，5、长春市中医院等，巴贝虫病属于，吉林大学中日联谊医院疾病医疗设施齐全，在疾病治疗方面有着丰富的经验；吉林大学第一医院口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名吉林大学中日联谊医院
吉林大学中日联谊医院是教育部直属高校——吉林大学所属的、国家卫生和计划生育委员会属（管）的集医疗、教学、科研、预防、保健、康复为一体的大型现代化综合性三级甲等医院。医院成立于1949年11月，前身是中国人民解放军"长春医科大学外科学院"。医院先后经历了中国人民解放军第三军医大学第三临床医学院时期、吉林医科大学第三临床学院时期、白求恩医科大学第三临床学院时期。1993年7月，医院主体迁入位于长春市经济技术开发区的新址。
第二名吉林大学第一医院
吉林大学白求恩第一医院是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复于一体的大型综合性医院、吉林省首家达标的三级甲等医院、全国百佳医院。医院始建于1949年,曾先后定名为中国人民解放军第一军医大学第一临床学院、白求恩医科大学第一临床医学院等。2000年与吉林大学合并，改名为吉林大学第一医院。
第三名吉林省中医院
长春中医药大学附属医院（吉林省中医院）创建于1958年,是吉林省唯一一所集医疗、教学、科研、保健、康复于一体的综合性医院,2008年被确定为国家中医临床研究基地建设单位,是国家药品临床研究基地、国家中医师资格认证基地、国家中医药国际合作基地,全国中医中风急症医疗中心。曾获得“全国百佳医院”、“三级甲等中医院”、“全国杏林示范中医院”、“全国卫生系统先进集体”等多项殊荣。长春中医药大学附属医院面积13.1万平方米,固定资产总值3.89亿元,现代化诊疗设备总值1亿元。
第四名长春市中心医院
长春市中心医院是一所以急诊急救为特色，集医疗、预防、教学、科研、保健为一体的综合性三级甲等医院，长春地区综合医疗集团核心单位。先后被授予全国百佳医院、创全国文明行业先进单位、全国卫生系统先进集体、吉林省精神文明建设标兵单位、长春市防治非典型肺炎工作先进基层党组织等荣誉称号。长春市中心医院始建于一九四八年，现有在职职工1356人，开放床位754张，年门诊量62万人次，设有37个临床科室、设有33个医疗科室、7个医技科室、3个市级研究所、5个临床研究室，其中心血管内科、心胸外科、神经内科、神经外科、老年病科、医学影像中心为市级重点专科。
第五名长春市中医院
长春中医院坐落于南关区曙光路463号，下设两个分院，地址为二道区和顺二条48号和重庆路173号。编制病床555张，设有内、外、妇、眼、骨伤、肛肠等10个疗区和辅助业务科室30余个。长春中医院在职职工679人，其中专业技术人员567人，副主任医师以上105人。 [收起]