江苏南京治疗甲状腺囊肿比较好的三甲医院有1、南京医科大学第二附属医院，2、东南大学附属中大医院，3、南京市中医院，4、南京鼓楼医院，5、江苏省肿瘤医院等，甲状腺囊肿属于，南京医科大学第二附属医院疾病医疗设施齐全，在疾病治疗方面有着丰富的经验；东南大学附属中大医院口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名南京医科大学第二附属医院
南京医科大学第二附属医院，暨江苏省第二红十字医院、南京医科大学第二临床医学院，是江苏省卫生健康委直属的三级甲等综合医院，现有临床科室37个，其中省级临床重点专科15个（含建设单位），分别为消化内科、小儿内科、肾脏内科、妇产科、老年医学科、内分泌科、肿瘤科、泌尿外科、眼科、耳鼻咽喉科、心血管内科、神经内科（建设单位）、普外科（建设单位）、医学影像科（建设单位）、呼吸内科（建设单位）。
第二名东南大学附属中大医院
东南大学附属中大医院始建于1935年，其前身为中央大学医学院附设医院，医院拥有国家临床重点专科重症医学科、医学影像学；江苏省优势学科医学技术学；江苏省重点学科：临床医学；江苏省临床重点专科介入放射科、普通外科、心血管内科、骨科、血液内科、急诊医学科、消化内科、肾脏内科、神经内科、内分泌科、麻醉科、肿瘤科、重症医学科、整形外科、病理科、儿科、妇产科、医学影像科、泌尿外科、呼吸内科。
第三名南京市中医院
南京市中医院成立于1956年，是一所中医特色明显、中西医结合、集医疗服务功能和急救能力为一体的三级甲等中医院。设有临床及医技科室38个，其中国家级重点学科：中医肛肠病学，国家级重点专科7个；江苏省重点学科：中医脑病学，江苏省重点专科8个，南京市中医重点专科14个。
第四名南京鼓楼医院
南京鼓楼医院，又名南京大学医学院附属鼓楼医院，是集医教研为一体的大型综合性三级甲等医院，拥有国家重点学科、国家临床重点专科9个，省临床医学中心4个、省医学重点学科8个、省级临床重点专科29个，省级质控中心5个，省专科、专病诊疗中心8个、市重点专科30个，博士点23个，硕士点32个。
第五名江苏省肿瘤医院
江苏省肿瘤医院（江苏省肿瘤防治研究所、南京医科大学附属肿瘤医院，江苏省红十字肿瘤医院）前身系1960年建院的江苏医院，为三级甲等肿瘤专科医院，是江苏省肿瘤防、治、研、教的技术指导中心。连续7年入围复旦大学医院管理研究所公布的“年度全国最佳肿瘤学专科声誉排行榜”，2015年首次跻身“中国最佳医院排行榜”百强。 [收起]