云南治疗甲状腺囊肿比较好的三甲医院有1、云南省中医医院，2、昆明市妇幼保健院，3、曲靖市第二人民医院，4、保山市人民医院等，甲状腺囊肿属于，云南省中医医院疾病医疗设施齐全，在疾病治疗方面有着丰富的经验；昆明市妇幼保健院口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名云南省中医医院
云南省中医医院暨云南中医药大学第一附属医院是云南省唯一的省级中医医院，其前身为建于1947年的云南大学医学院附设医院分院，1950年改为云南省人民政府卫生处总门诊部。医院于1994年被评定为三级甲等中医医院，2007年被评为云南省中医名院，2009年被列为云南省中医临床研究基地建设单位，2012年经国家中医药管理局复审再次被评为三级甲等中医医院，是集云南省120家省、州、市、县中医院和相关单位为一体的云南省中医医疗集团总医院。
第二名昆明市妇幼保健院
昆明市妇幼保健院（昆明市妇女儿童医院）是市属公益性妇幼健康服务机构。院本部所在华山西路5号，前身为1901年成立的“大法施医院”，是云南省历史上第一家西医医院，1952年更名为昆明市妇幼保健院。我院是全省唯一的三级甲等妇幼保健院和省内首家“爱婴医院”。为完善以保健为中心、临床与保健相结合的服务职能，1997年4月，市妇幼保健院、市妇女保健所、市儿童保健所实行业务归口统一管理。2008年8月，市政府批准原市妇女保健所、市儿童保健所合并成立“昆明市妇女儿童保健中心”，仍与医院统一管理，强化了全市妇幼医疗保健业务技术指导中心作用。
第三名曲靖市第二人民医院
曲靖市第二人民医院是一所集医疗、教学、科研、预防、保健于一体的三级甲等综合医院。始建于1928年，其前身为昆明红十字会医院（1965年更名为昆明市第三人民医院），1970年由昆明搬迁至曲靖，更名为云南8511医院，隶属云南省国防科工办，1986年移交曲靖地区，更名为曲靖地区第二人民医院，1997年撤地设市，更名为曲靖市第二人民医院。系国家级腹腔镜外科医师培训基地；上海复旦大学附属中山医院医疗技术协作中心、远程医学会诊中心/远程教育中心；四川大学华西医院/华西第二人民医院区域网络联盟医院。
第四名保山市人民医院
保山市人民医院建院于1937年，是保山市规模最大、设备先进、技术力量雄厚，集医疗、教学、科研为一体的三级乙等综合医院。设11个职能科室，27个临床专业科室和8个医技科室。各临床科室设有温馨病房和普通病房，在所有住院病房安装了免费电视、电话，并建有宽敞停车场和卫生培训中心，培训中心内设50个标间和能容纳160人的多媒体会议厅。 [收起]