上海治疗小儿脑炎比较好的三甲医院有1、复旦大学附属中山医院，2、复旦大学附属华山医院，3、上海市第七人民医院，4、上海市第六人民医院东院，5、上海市皮肤病医院等，小儿脑炎属于传染科，复旦大学附属中山医院传染科疾病医疗设施齐全，在传染科疾病治疗方面有着丰富的经验；复旦大学附属华山医院传染科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名复旦大学附属中山医院传染科
复旦大学附属中山医院是国家卫生和计划生育委员会预算管理单位，是复旦大学的附属综合性教学医院。医院开业于1937年，是当时中国人管理的第一所大型综合性医院，隶属于国立上海医学院，医院设有除儿科以外的所有科室、综合实力雄厚。心脏、肝癌、肾脏和肺部疾病诊治是医院的重点和特色，诊治水平始终处于国内领先地位。国家临床重点专科18个：消化科、检验科、麻醉科、心血管内科、内分泌科、胸外科、心脏大血管外科、临床护理、中医脑病科、呼吸内科、肾病科、普通外科、重症医学科、肿瘤科、医学影像科、器官移植科、急诊医学科和神经内科。心血管病和肝肿瘤为上海市临床医学中心。
第二名复旦大学附属华山医院传染科
复旦大学附属华山医院创建于1907年，是复旦大学附属综合性教学医院和中国红十字会直属医院，1992年首批通过国家三级甲等医院评审，全院共设39个临床医技科室，尤以神经内外科、皮肤科、手外科、中西医结合、传染病科、脊柱和关节外科、肾脏病科、泌尿外科、肾移植、胰腺外科、乳房外科、内分泌科、职业病和风湿科、颌面外科、影像医学和核医学、运动医学、康复医学为特长，其中神经外科、手外科、中西医结合科、泌尿外科、神经内科、传染病学和抗生素、肾病科、心血管科、影像医学和核医学、普外科为国家级重点学科，临床神经医学、手外科为上海市领先学科，神经外科、手外科被命名为上海市临床医学中心。
第三名上海市第七人民医院传染科
上海市第七人民医院位于浦东新区外高桥区域，紧邻上海自由贸易试验区，是集医疗、科研、教学为一体、康复、健康管理为特色的三级甲等中西医结合医院，4次被评为卫生部先进集体，11次被评为上海市文明单位。医院重点学科建设卓有成效，拥有国家中医药管理局“十二五”重点专科肾病科；上海市医学重点专科康复科、上海市中医临床优势专科康复科、上海市中医临床重点学科中医肿瘤病学、上海市中西医结合重点病种湿疹、上海市传统医学示范中心；浦东新区重点学科临床药学、浦东新区重点学科群中西医结合康复医学学科群、浦东新区传统型中医临床示范学科中医肛肠科、浦东新区重点专科耳鼻咽喉科、浦东新区重点专科核医学科、浦东新区重点专科泌尿外科、浦东新区传统型中医临床示范学科中医男性科；并于2013年成立了健康管理部、脊柱外科。
第四名上海市第六人民医院东院传染科
上海市第六人民医院东院、上海交通大学附属第六人民医院东院拥有省部级以上重点学科（专科）（骨科、内分泌代谢学科、耳鼻咽喉科、医学影像学科）列为重点学科，同时注重发展具有区域特色的学科及专业，6个院级特色学科（肿瘤内科、神经外科、麻醉科、心血管内科、呼吸内科、妇产科）。建立了以重点学科、特色学科、专业学科为梯度结构的学科建设基本框架，明确未来几年的学科发展方向。
第五名上海市皮肤病医院传染科
上海市皮肤病医院始建于1945年，是目前全市唯一一所以皮肤病、性病、神经内科为诊疗特色的三级专科医院，荣获上海市文明单位、上海市平安单位、上海市卫生系统职业道德基地称号。医院占地面积61.89亩，包括保德路、武夷路和虬江路，核定床位260张。现有职工324人，其中具有高级技术职称者25人，硕士研究生及以上学历者76人。 多年来，医院承担同济大学医学院、扬州大学医学院、安徽医科大学、安徽理工大学本科生、硕士研究生、博士研究生的培养任务，是上海市住院医师规范化培养基地。 [收起]