全国治疗男科排名靠前的三级医院有1、中国医科大学航空总医院，2、萧山区第一人民医院，3、杭州市余杭区妇幼保健院，4、南昌市生殖医院，5、山西煤炭中心医院等，全国男科医院排名是根据复旦医院排名、卫健委、患者口碑等要素综合产生，其中。
第一名中国医科大学航空总医院男科
中国医科大学航空总医院成立于1972年，隶属于世界五百强企业——中国航空工业集团公司，历经四十余年发展，医院已成为集医疗、教学、科研、预防为一体的大型公立三级综合医院、中航工业医疗行业龙头医院、北京市北苑地区医疗中心、联合国儿童基金会和国家卫计委联合授予的“爱婴医院”、中国医院协会授予的“全国百姓放心示范医院”、北京市卫生局授予的“平安医院”、北京市首批社会医疗保险定点医疗机构、全国无烟医院、中国医科大学非直属附属医院、北京中医药大学和四川大学华西口腔医学院教学医院。
第二名萧山区第一人民医院男科
杭州市萧山区第一人民医院创建于1935年8月，是萧山区的医疗中心和医学技术培训中心。目前为国家三级乙等综合性医院，医院以急诊科、呼吸内科、心内科、妇产科、神经内科、神经外科、肾内科、骨科、肿瘤科、肝胆外科等重点专科为龙头，内外妇儿各科综合发展，能开展肝脏移植、肾脏移植、关节置换、肾脏活检、球囊扩张、冠脉造影、射频消融、肿瘤介入、肿瘤放疗、各类微创手术及各类心脏手术（心脏瓣膜置换术，冠脉搭桥术，室间隔、房间隔缺损修补术，复合性先天性心脏畸形纠正术等）等高难技术。
第三名杭州市余杭区妇幼保健院男科
余杭区妇幼保健院是一所集医疗保健于一体的三级乙等妇幼保健院，担负着全区妇女儿童医疗保健和公共卫生管理职能，是浙大医学院附属儿童医院、浙大医学院附属妇产科医院和上海交通大学附属瑞金医院乳腺病诊治中心的协作医院。
第四名南昌市生殖医院男科

第五名山西煤炭中心医院男科
山西煤炭中心医院是一所集医疗、教学、科研为一体的综合医院,成立于1983年,地处太原市学府街101号,占地面积150亩。2002年底山西梅园工贸集团受山西省煤炭工业局之命,自筹资金3亿元按照创一流医院的目标对医院进行改扩建,使医院医疗区建筑面积达5万平米,固定资产近5亿元,具备开设800张床位的规模。医院的性质为国有非营利性医疗机构,是省、市城镇职工医疗保险定点医院,也是新型农村合作医疗定点单位。医院按照三级综合医院的标准设26个临床科室30多个专业,设9个医技科室。器官移植、肝胆胰外科、内窥镜检查与治疗、神经内科、妇产科等为医院的重点专科。医院筑巢引凤,吸引了省内外乃至国外知名专家学者加盟。 [收起]