全国治疗男科排名靠前的三甲医院有1、北京大学第三医院，2、空军总医院，3、广州中医药大学第一附属医院，4、中山大学附属第一医院-附院，5、北京中医药大学东方医院等，全国男科医院排名是根据复旦医院排名、卫健委、患者口碑等要素综合产生，其中北京大学第三医院是全国医院综合实力排行榜第14名。
第一名北京大学第三医院男科
北京大学第三医院建于1958年，国家卫生健康委委管医院，集医疗、教学、科研、预防、康复与保健为一体的综合性三甲医院。2018年底，在岗职工5157人，开放床位1891张。医院有36个临床科室、10个医技科室。有27个博士点、1个临床博士后流动站。在岗博士生导师57人，中国科学院院士1人、中国工程院院士2人，国家千人计划1人，国家自然科学基金杰出青年基金获得者3人、科技部“973”首席科学家1人、教育部“长江学者特聘教授”2人，2人入选国家级“新世纪百千万人才工程”，青年千人计划1人，国家自然科学基金优秀青年科学基金获得者4人，卫生部突出贡献专家10人。
第二名空军总医院男科
中国人民解放军空军总医院位于北京市海淀区阜成路西钓鱼台，东侧毗邻高耸入云的中央电视发射塔和碧波荡漾的玉渊潭公园，西南侧环绕着清澈蜿蜒的昆玉河。总占地面积15万平方米，总建筑面积约30万平方米。医院始建于1950年5月，1956年10月25日正式开院，是新中国军事航空医学的发源地。主要承担空军飞行人员航空病、常见病诊疗防治研究及医学鉴定任务；承担预备航天员的体检选拔任务；承担空军部队及联勤部队官兵的健康保障和疾病救治；还面向人民群众提供优质医疗服务。已发展成为一所集医疗、教学、科研和预防保健为一体的大型现代化综合性三级甲等医院。
第三名广州中医药大学第一附属医院男科
广州中医药大学第一附属医院是一所大型综合性中医医院，创建于1964年，是我国高等中医药临床教育、医疗、科研重要基地之一，为全国首批三级甲等中医医院、示范中医医院和首批广东省中医名院。医院拥有卫生部国家临床重点专科7个（内分泌科、耳鼻喉科、骨伤科、脾胃病科、妇科、肿瘤科、临床药学）、国家中医药管理局重点专科14个（急诊科、内分泌科、耳鼻喉科、骨伤科、肿瘤科、妇科、心血管科、针灸科、脾胃病科、脑病科、风湿病科、重症医学科、护理学、临床药学），已进入国家重点专科专病单位数量最多的医院行列，其中多个专科专病成为全国协作组组长或副组长单位；拥有省级重点专科专病27个。
第四名中山大学附属第一医院-附院男科
中山大学附属第一医院（简称中山一院）地处广东省省会广州市，是国家重点大学中山大学附属医院中规模最大、综合实力最强的附属医院，也是国内规模最大、综合实力最强的医院之一。
第五名北京中医药大学东方医院男科
东方医院筹建于1986年,现有国家卫计委临床重点专科中医建设项目6个，脑卒中筛查与防治基地、中医脑病科、心血管科、中医妇科、肺病科、脾胃病科、护理学部;国家中医药管理局重点专科项目14个，分别是脑病科、周围血管科、肾病科、心血管科、妇科、眼科、肺病科、脾胃病科、儿科、皮肤科、耳鼻喉科、肿瘤科、护理学、预防保健科(治未病中心);有北京市中医特色诊疗中心10个、基地2个。 [收起]