全国治疗小儿偏头痛比较好的三甲医院有1、复旦大学附属中山医院，2、首都儿科研究所附属儿童医院，3、首都医科大学附属北京儿童医院，4、北京中医药大学附属护国寺中医医院，5、北京中医药大学东直门医院等，小儿偏头痛属于中医科，复旦大学附属中山医院中医科疾病医疗设施齐全，在中医科疾病治疗方面有着丰富的经验；首都儿科研究所附属儿童医院中医科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名复旦大学附属中山医院中医科
复旦大学附属中山医院是国家卫生和计划生育委员会预算管理单位，是复旦大学的附属综合性教学医院。医院开业于1937年，是当时中国人管理的第一所大型综合性医院，隶属于国立上海医学院，医院设有除儿科以外的所有科室、综合实力雄厚。心脏、肝癌、肾脏和肺部疾病诊治是医院的重点和特色，诊治水平始终处于国内领先地位。国家临床重点专科18个：消化科、检验科、麻醉科、心血管内科、内分泌科、胸外科、心脏大血管外科、临床护理、中医脑病科、呼吸内科、肾病科、普通外科、重症医学科、肿瘤科、医学影像科、器官移植科、急诊医学科和神经内科。心血管病和肝肿瘤为上海市临床医学中心。
第二名首都儿科研究所附属儿童医院中医科
首都儿科研究所是一所以医学基础研究、儿科疾病发病机理研究、儿童保健为重点，承担有医疗、教学和预防任务的应用医学研究机构。其前身是中国医学科学院儿科研究所 ,成立于1958年，是新中国第一家儿科医学研究所。于1983年隶属北京市，1984年开设门诊，1986年建立附属儿童医院。1993年，在京郊顺义区组建“北京市医用生物制品中试基地”。研究所先后10次获得北京市属科研院所“改革与发展”一等奖，18次获得首都及卫生系统“文明单位”的称号。50多年来，经过几代人的不懈奋斗，研究所已发展成为集儿科基础医学、临床医学、高等医学教育、预防保健医学为一体的全国知名的医学研究机构。
第三名首都医科大学附属北京儿童医院中医科
首都医科大学附属北京儿童医院是集医疗、科研、教学、保健于一体的三级甲等综合性儿科医院，前身是我国现代儿科医学奠基人诸福棠院士于1942年创办的北平私立儿童医院。医院总占地面积7万平方米，建筑面积12万平方米，编制病床970张，年门诊量300余万人次，住院病人7万余人次，手术逾2.3万例。2017年，医院被国家卫生健康委(原国家卫生计生委)批准成为国家儿童医学中心，2019年被批准设立国家儿童肿瘤监测中心，为儿童血液病、恶性肿瘤防控提供大数据支撑。
第四名北京中医药大学附属护国寺中医医院中医科
护国寺中医医院是北京市最早的公立中医医疗机构。早在六十年代，就作为北京中医学院(现北京中医药大学)的教学、实习医院，医院开设有内、外、针灸、肿瘤、骨科8个病区;门诊设有内、外、针、骨、妇、儿、皮、眼、五官、口腔、急诊及放射、CT、检验、心电、超声、心脑功能捡查、手术室、中西药房、中西药制剂等科室20余个;有普通门诊、专家门诊为患者提供优质服务，全国著名中医内科专家许彭龄教授等众多专家定期应诊。
第五名北京中医药大学东直门医院中医科
东直门医院是一所集医疗、教学、科研于一体的大型综合性三级甲等中医医院，是国家中医临床研究基地，是国家食品药品监督管理局认定的国家药物临床试验机构，是世界卫生组织中医适宜技术项目培训基地，是国家住院医师规范化培训示范基地，是首批全国示范中医院、北京市医疗保险定点医院，是国家级中医学实验教学示范中心，是教育部大学生校外实践教育基地。 [收起]