广东广州治疗肠道菌群失调比较好的三甲医院有1、南方医科大学南方医院，2、广东省人民医院，3、广州红十字会医院，4、广东药学院附属第一医院，5、中山大学附属肿瘤医院等，肠道菌群失调属于中医科，南方医科大学南方医院中医科疾病医疗设施齐全，在中医科疾病治疗方面有着丰富的经验；广东省人民医院中医科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名南方医科大学南方医院中医科
南方医科大学南方医院是一所集医疗、教学、科研和预防保健为一体的大型综合性三级甲等医院,全国百佳医院。医院设置诊疗科目111个,拥有临床医学一级学科博士学位授权点和临床医学博士后流动站;内科学(消化系病)为国家重点学科,外科学(骨外)为国家重点培育学科;拥有国家临床重点专科建设项目14个,国家中医重点学科4个;设有器官衰竭防治省部共建国家重点实验室、慢性肾病国家临床医学研究中心,国家高等院校学科创新引智基地1个,广东省肾脏病研究所、南方消化病研究所、广东省肝脏疾病研究所。广东省临床重点专科达31个,临床医学获评广东省攀峰重点学科,口腔临床医学获评广东省优势重点学科。
第二名广东省人民医院中医科
广东省人民医院（广东省医学科学院）创建于1946年，下辖2个分院、6个门诊部和6个研究所，托管2家基层医院， 医院各专科亚专科设置齐全，共有12个国家临床重点专科、34个广东省临床医学重点专科/学科。我院2017年度全国最佳医院排行榜（复旦版）综合排名第29名，位居全国省级人民医院前列；排名进入全国前十的专科共5个：心外科（全国第3名）、心血管病（全国第4名）、老年医学（全国第6名）、急诊医学（全国第6名）、放射科（全国第9名）；专科提名获全国前十的有胸外科、风湿科、肿瘤学和康复医学。
第三名广州红十字会医院中医科
广州市红十字会医院创建于1904年,坐落在美丽的珠江南岸,海珠核心位置。医院现有职工1400多人,开放病床1000多张,设有内科、外科、妇产科、儿科、骨科、烧伤整形科、中医科、五官科等共38个临床专科,4个科研所(室);除医院本部外,还设有昌岗分院,年门诊量约120万人次,年收治住院病人2.5万余人次。
第四名广东药学院附属第一医院中医科
广东药学院附属第一医院创建于1950年，前身为广州铁路中心医院，医院拥有一批优势突出、在广东省乃至全国有一定影响的学科专科。现有学科、专科39个，其中国家级重点学科1个（中西医结合学科），国家级重点实验室2个（“高脂血症调肝降脂”重点研究室、 “脂代谢”重点实验室），部级重点专科4个（心血管内科、肝胆外科、骨科、妇产科），省级重点专科、学科2个（口腔科、临床药学），省级“五个一”科教兴医工程重点专科1个（心血管内科），省级重点实验室1个（广东省代谢性疾病中医药防治重点实验室），广东省高等学校实践教学示范中心1个，其他重点专科8个。
第五名中山大学附属肿瘤医院中医科
中山大学肿瘤防治中心（中山大学附属肿瘤医院、中山大学肿瘤研究所）成立于1964年3月，是新中国成立最早的四所肿瘤医院之一。中心是全国规模最大、学术力量最雄厚的集医疗、教学、科研、预防于一体的肿瘤学基地之一，承担国家肿瘤防治重任，在全国尤其是华南地区及港澳台的肿瘤防治工作中发挥着龙头作用，学科地位、综合实力居全国领先水平。　　 中山大学肿瘤防治中心是国家重点学科（肿瘤学）、国家重点实... [收起]