江苏南京治疗吉尔伯特综合征比较好的三甲医院有1、东部战区总医院，2、南京医科大学第二附属医院，3、东南大学附属中大医院，4、江苏省中西医结合医院，5、南京市第一医院等，吉尔伯特综合征属于儿科，东部战区总医院儿科疾病医疗设施齐全，在儿科疾病治疗方面有着丰富的经验；南京医科大学第二附属医院儿科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名东部战区总医院儿科
东部战区总医院拥有国家、军队、军区和江苏省重点学科34个。拥有2名中国工程院院士、1名长江学者、4名百千万人才工程人选。先后有49人获得政府特殊津贴，17人次获得“何梁何利奖”“国家突出贡献中青年专家”“国家杰出青年基金”等重大奖项。
第二名南京医科大学第二附属医院儿科
南京医科大学第二附属医院，暨江苏省第二红十字医院、南京医科大学第二临床医学院，是江苏省卫生健康委直属的三级甲等综合医院，现有临床科室37个，其中省级临床重点专科15个（含建设单位），分别为消化内科、小儿内科、肾脏内科、妇产科、老年医学科、内分泌科、肿瘤科、泌尿外科、眼科、耳鼻咽喉科、心血管内科、神经内科（建设单位）、普外科（建设单位）、医学影像科（建设单位）、呼吸内科（建设单位）。
第三名东南大学附属中大医院儿科
东南大学附属中大医院始建于1935年，其前身为中央大学医学院附设医院，医院拥有国家临床重点专科重症医学科、医学影像学；江苏省优势学科医学技术学；江苏省重点学科：临床医学；江苏省临床重点专科介入放射科、普通外科、心血管内科、骨科、血液内科、急诊医学科、消化内科、肾脏内科、神经内科、内分泌科、麻醉科、肿瘤科、重症医学科、整形外科、病理科、儿科、妇产科、医学影像科、泌尿外科、呼吸内科。
第四名江苏省中西医结合医院儿科
江苏省中医药研究院、江苏省中西医结合医院始建于1956年，消化科为国家卫生部临床重点专科建设项目、国家中医药管理局“十二五”重点专科建设项目；骨伤科、心血管科为国家中医药管理局“十一五”重点专科；重症医学科为国家中医药管理局“十二五”重点专科培育项目；心内科、妇产科、呼吸科、消化科、肿瘤科、内分泌科、普外科为江苏省中医重点专科；儿科、肾科、老年科、神经内科为江苏省中医重点专科建设单位。
第五名南京市第一医院儿科
南京市第一医院（南京医科大学附属南京医院、中国药科大学南京市第一医院），是卫生部首批三级甲等综合性医院。现有国家重点学科1个，国家临床重点专科1个，江苏省医学重点学科4个，江苏省专科（病）诊疗中心1个，南京医科大学重点学科4个，江苏省省级临床重点专科20个，南京市医学重点学科2个，南京市医学重点专科8个，博士培养点14个，硕士培养点30个，国家级博士后科研工作站1个，院士工作站6个。 [收起]