山西治疗先天性巨结肠比较好的三甲医院有1、山西省儿童医院，2、晋城市人民医院，3、山西省汾阳医院等，先天性巨结肠属于外科，山西省儿童医院外科疾病医疗设施齐全，在外科疾病治疗方面有着丰富的经验；晋城市人民医院外科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名山西省儿童医院外科
山西省儿童医院、妇幼保健院建于1947年。现编制床位800张、实际开放床位860张，最高时达1100张。现有职工1925名，实际在编职工1172名。年门诊量80万人次、年出院4.6万人次、年手术12000人次、保健服务30万人次，是为山西省2300万妇女儿童提供全方位、多层次医疗、保健、预防、康复技术服务的三级甲等省级医院，也是山西医科大学附属医院，建立有现代化的教学中心，开展本科、硕士研究生教学、科研工作。
第二名晋城市人民医院外科
该院始建于1986年，是迄今晋城地区唯一一所由市政府举办的集医疗、教学、科研、预防、康复、保健为一体的三级甲等综合医院，并称郑州大学第一附属医院晋城教学医院，长治医学院晋城医院、晋城市红十字人民医院。医院本部位于晋城市区文昌东街456号，文昌街与太行路交叉路口西南侧，医院水陆院区位于晋城市区瑞丰路与红星街交叉口西北角，医院感染性疾病科病区借址于晋城市区川东路9号的晋城市第三人民医院（传染病医院）。总占地40527平方米，总建筑面积67995平方米，编制床位800支，实际开放床位962支。
第三名山西省汾阳医院外科
山西省汾阳医院创建于1916年，前身是美国基督教华北公理会创办的教会医院。历经百年传承，现已发展成为一所集医疗、教学、科研、预防保健、康复为一体的三级甲等综合医院。是首批全国百姓放心示范医院，山西省四个区域医疗中心之一，山西医科大学附属医院，是国家卫计委脑卒中筛查与防治基地，国家级爱婴医院，国家标准版胸痛中心医院，山西省首批住院医师规范化培训基地和全科医师培训基地。是上海市胸科医院、北京地坛医院、中南大学湘雅医院等医院的协作医院。 [收起]