全国治疗先天性巨结肠比较好的三甲医院有1、首都儿科研究所附属儿童医院，2、首都医科大学附属北京儿童医院，3、北京二龙路医院，4、上海交通大学医学院附属仁济医院，5、上海市儿童医院等，先天性巨结肠属于外科，首都儿科研究所附属儿童医院外科疾病医疗设施齐全，在外科疾病治疗方面有着丰富的经验；首都医科大学附属北京儿童医院外科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名首都儿科研究所附属儿童医院外科
首都儿科研究所是一所以医学基础研究、儿科疾病发病机理研究、儿童保健为重点，承担有医疗、教学和预防任务的应用医学研究机构。其前身是中国医学科学院儿科研究所 ,成立于1958年，是新中国第一家儿科医学研究所。于1983年隶属北京市，1984年开设门诊，1986年建立附属儿童医院。1993年，在京郊顺义区组建“北京市医用生物制品中试基地”。研究所先后10次获得北京市属科研院所“改革与发展”一等奖，18次获得首都及卫生系统“文明单位”的称号。50多年来，经过几代人的不懈奋斗，研究所已发展成为集儿科基础医学、临床医学、高等医学教育、预防保健医学为一体的全国知名的医学研究机构。
第二名首都医科大学附属北京儿童医院外科
首都医科大学附属北京儿童医院是集医疗、科研、教学、保健于一体的三级甲等综合性儿科医院，前身是我国现代儿科医学奠基人诸福棠院士于1942年创办的北平私立儿童医院。医院总占地面积7万平方米，建筑面积12万平方米，编制病床970张，年门诊量300余万人次，住院病人7万余人次，手术逾2.3万例。2017年，医院被国家卫生健康委(原国家卫生计生委)批准成为国家儿童医学中心，2019年被批准设立国家儿童肿瘤监测中心，为儿童血液病、恶性肿瘤防控提供大数据支撑。
第三名北京二龙路医院外科
北京市肛肠医院(北京市二龙路医院)创立于1937年，是一所以治疗肛肠疾病为特色，融医疗、教学、科研、预防为一体的医保定点二级甲等医院。2012年成立了“北京市肛肠疾病研究院”。医院设有肛肠外科、内科、外科、妇科、中医科、口腔科、眼科、五官科、骨科、针灸科、皮科等27个临床科室11个医技科室，下设德胜社区卫生服务中心及七个社区卫生服务站。2012年7月在西城区德外大街16号高科技园区内北院区投入使用，床位总量达到400张，医院建筑总面积3.9万平方米。
第四名上海交通大学医学院附属仁济医院外科
上海仁济医院建于1844年,是上海开埠后第一所西医医院。医院目前由东西南北四个院区和上海市肿瘤研究所组成,是一个学科门类齐全,集医疗、教学、科研于一体的综合性三级甲等医院。医院设有42个临床医技科室：消化科、心内科、血液科、风湿病科、老年病科、呼吸科、肾脏科、神经内科、内分泌科、肿瘤科、康复科、急诊科、核医学科、放射诊疗科、泌尿科、普外科、骨科、心血管外科、胸外科、血管外科、神经外科、肝脏外科、整形外科、麻醉科、中医科、儿科、眼科、妇产科、生殖医学科、耳鼻咽喉-头颈外科、皮肤科、感染科、口腔科、营养科、放射科、超声医学科、病理科、检验科、药剂科、输血科、内科门诊、健康保健中心。
第五名上海市儿童医院外科
上海市儿童医院是一所集医疗、保健、教学、科研、康复于一体的三级甲等儿童医院，前身是上海难童医院，1953年更名为上海市儿童医院，医院设有儿科类全部专业，优势特色专科有重症医学科、新生儿科、肾脏科、呼吸科、血液科、消化科、心脏内科、神经内科、内分泌科、临床免疫科、普外科、胸心外科、神经外科、骨科、泌尿外科、耳鼻咽喉头颈外科、儿童保健科、皮肤科、眼科、中医科、口腔科、康复科等。 [收起]