全国治疗胸腺囊肿比较好的三甲医院有1、中山大学附属第一医院-附院，2、天津市胸科医院，3、中山市中医院，4、广东药学院附属第一医院，5、深圳市第三人民医院等，胸腺囊肿属于胸外科，中山大学附属第一医院-附院胸外科疾病医疗设施齐全，在胸外科疾病治疗方面有着丰富的经验；天津市胸科医院胸外科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名中山大学附属第一医院-附院胸外科
中山大学附属第一医院（简称中山一院）地处广东省省会广州市，是国家重点大学中山大学附属医院中规模最大、综合实力最强的附属医院，也是国内规模最大、综合实力最强的医院之一。
第二名天津市胸科医院胸外科
天津市胸科医院是一所以治疗心、肺疾病，集医、教、研、防为一体的现代化的三级甲等专科医院。是天津市医科大学临床学院。该院成立于20世纪中期（1947年11月17日）。2013年医院从位于市中心繁华地带的和平区西安道93号旧址迁到天津市津南区台儿庄南路261号新址。医院占地面积137.25亩，建筑面积12.1万平方米，设病床788张。绿色、环保、节能、人性化是医院建筑设计的理念，方便、快捷、安全、温馨是医院对患者的服务理念。胸科医院位于海河上游后五公里天津市柳林副中心核心区域内，面向海河背靠天津大道
第三名中山市中医院胸外科
广东省中山市中医院创建于1957年，是一所集医疗、教学、科研、预防保健于一体的综合性三级甲等中医医院，医院院康复科和肾病科是国家级重点专科，骨伤科和耳鼻喉科是国家级重点专科建设单位，同时建成了6个省级重点专科、17个省级重点专科建设单位、2个省中医名科，以及8个市重点（特色）专科。初步形成了国家、省、市重点专科建设体系。专科专病的蓬勃发展，带动医院整体水平的提高和医院知名度的扩大。
第四名广东药学院附属第一医院胸外科
广东药学院附属第一医院创建于1950年，前身为广州铁路中心医院，医院拥有一批优势突出、在广东省乃至全国有一定影响的学科专科。现有学科、专科39个，其中国家级重点学科1个（中西医结合学科），国家级重点实验室2个（“高脂血症调肝降脂”重点研究室、 “脂代谢”重点实验室），部级重点专科4个（心血管内科、肝胆外科、骨科、妇产科），省级重点专科、学科2个（口腔科、临床药学），省级“五个一”科教兴医工程重点专科1个（心血管内科），省级重点实验室1个（广东省代谢性疾病中医药防治重点实验室），广东省高等学校实践教学示范中心1个，其他重点专科8个。
第五名深圳市第三人民医院胸外科
深圳市第三人民医院（南方科技大学第二附属医院）成立于1985年3月，前身为深圳市东湖医院，医院先后建成包括感染病国家临床重点专科在内的15个国家及省市重点专科、重点实验室。感染病科成立于1985年，现有床位385张，由结核病科、肝病科、艾滋病科、传染病科、感染ICU、人工肝室、深圳市肝病研究所、广东省新发传染病诊治重点实验室等组成，下设有肝病、肺病、艾滋病、新发传染病4个医学中心。 [收起]