北京治疗肾结石比较好的三甲医院有1、 北京市房山区中医医院，2、北京大学肿瘤医院，3、首都医科大学附属北京佑安医院，4、中国康复研究中心（北京博爱医院），5、首都医科大学附属北京中医医院等，肾结石属于内科， 北京市房山区中医医院内科疾病医疗设施齐全，在内科疾病治疗方面有着丰富的经验；北京大学肿瘤医院内科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名 北京市房山区中医医院内科
房山中医院为二级甲等中医医院、全国百家示范中医医院，北京市基本医疗保险定点医院。设有除中医传统特色的内科、外科、妇科、儿科、骨伤科、针灸科、按摩科、皮肤科和肾病科外还设有血透中心、放免中心、糖尿病专科、风湿病专科、肝胆泌尿结石中医诊疗中心等30多个临床科室和CT室、放射科、功检科、及检验科等医技科室。
第二名北京大学肿瘤医院内科
北京大学肿瘤医院设有34个临床科室，14个医技科室，17个基础研究科室,开放床位776张。全年门诊量66万人次，年收治病人7.8万人次，手术近1.6万例。医院职工近2400人，在编职工中正高级职称124人，副高级职称211人。 北京大学肿瘤医院有国家重点学科1个(肿瘤学)、国家临床重点专科2个(肿瘤科、病理科)、北京市重点学科4个(北京市胃癌防治中心、北京市乳腺癌防治中心、北京市影像介入治疗中心、超声诊断中心)、北京市中医管理局重点学科1个(中西医结合科暨老年肿瘤科)，全国名老中医药专家传承工作室1个，北京学者工作室1个，是恶性肿瘤发病机制及转化研究教育部重点实验室、恶性肿瘤转化研究北京市重点实验室。
第三名首都医科大学附属北京佑安医院内科
佑安医院是一家以感染、传染及急、慢性相关性疾病群体为主要服务对象和重点学科，集预防、医疗、保健、康复为一体的大型综合性医学中心。搭建国际医药科技临床与转化医学高端平台。形成了系统的内科、外科、专业辅助诊疗及临床研究四位一体的肝病中心、感染中心、消化中心、微创介入中心、妇幼中心、中西医结合中心、人工肝中心、肝脏移植中心、五官中心及急诊中心等中心化临床医疗体系和以临床检验中心、影像中心、病理中心、生物医学信息中心为一体的临床诊断体系。形成了以临床研究课题为基础的医、护、技三结合的科研小组，以及以肝病康乐家园和爱心家园为载体的医患互动会员制慢病终身随访管理服务体系。使佑安医院在病毒性肝炎与肝癌;艾滋病与新发传染病;感染免疫与生物医学三 大领域形成优势学科，从而实现组织结构合理、学科专业齐全、运营服务高效、诊疗技术精湛的完整学科发展链。
第四名中国康复研究中心（北京博爱医院）内科
中国康复研究中心是集康复医疗、康复科学技术研究、康复人才培养、康复信息服务、康复工程研究以及社会服务指导于一体的综合性康复机构和技术资源中心。她由职能处室、业务科室、康复信息研究所、康复工程研究所、康复医学研究所、康复医学院、社会服务指导中心等部门组成。“中心”占地面积近300亩，建筑面积15万平方米，员工1373多人。主要以脊柱脊髓损伤、脑卒中、脑外伤、神经系统、截肢、骨关节伤病、小儿麻痹后遗症、小儿脑瘫等病症引起的功能障碍为康复治疗的对象。同时还对老年病、白内障、心血管系统、呼吸系统、泌尿系统等疾病开展系统的康复和治疗。
第五名首都医科大学附属北京中医医院内科
北京中医医院始建于1956年，是北京市唯一的一所市属综合性、现代化三级甲等中医医院。承担着北京市中医医疗、教学、科研、预防等任务。医院下设北京市中医研究所、北京市中药研究所、北京市国际针灸培训中心、北京市赵炳南皮肤病研究中心。是首都医科大学中医药临床医学院、北京中医药大学教学医院、北京市中医住院医师(全科医生)规范化培训基地。目前，北京中医医院分别被国家中医药管理局评为治未病基地、中医药国际合作基地、中医急诊临床基地、中医适宜技术推广基地、中医药标准化研究推广基地、全国中医医院信息化示范单位，为北京市A类费用免审医疗保险定点医院。 [收起]