吉林治疗眼肌麻痹性偏头痛比较好的医院有1、吉林大学第一医院，2、吉林省中医院，3、吉林大学中日联谊医院，4、长春市中医院，5、辽源市中医院等，眼肌麻痹性偏头痛属于神经内科，吉林大学第一医院神经内科疾病医疗设施齐全，在神经内科疾病治疗方面有着丰富的经验；吉林省中医院神经内科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名吉林大学第一医院神经内科
吉林大学白求恩第一医院是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复于一体的大型综合性医院、吉林省首家达标的三级甲等医院、全国百佳医院。医院始建于1949年,曾先后定名为中国人民解放军第一军医大学第一临床学院、白求恩医科大学第一临床医学院等。2000年与吉林大学合并，改名为吉林大学第一医院。
第二名吉林省中医院神经内科
长春中医药大学附属医院（吉林省中医院）创建于1958年,是吉林省唯一一所集医疗、教学、科研、保健、康复于一体的综合性医院,2008年被确定为国家中医临床研究基地建设单位,是国家药品临床研究基地、国家中医师资格认证基地、国家中医药国际合作基地,全国中医中风急症医疗中心。曾获得“全国百佳医院”、“三级甲等中医院”、“全国杏林示范中医院”、“全国卫生系统先进集体”等多项殊荣。长春中医药大学附属医院面积13.1万平方米,固定资产总值3.89亿元,现代化诊疗设备总值1亿元。
第三名吉林大学中日联谊医院神经内科
吉林大学中日联谊医院是教育部直属高校——吉林大学所属的、国家卫生和计划生育委员会属（管）的集医疗、教学、科研、预防、保健、康复为一体的大型现代化综合性三级甲等医院。医院成立于1949年11月，前身是中国人民解放军"长春医科大学外科学院"。医院先后经历了中国人民解放军第三军医大学第三临床医学院时期、吉林医科大学第三临床学院时期、白求恩医科大学第三临床学院时期。1993年7月，医院主体迁入位于长春市经济技术开发区的新址。
第四名长春市中医院神经内科
长春中医院坐落于南关区曙光路463号，下设两个分院，地址为二道区和顺二条48号和重庆路173号。编制病床555张，设有内、外、妇、眼、骨伤、肛肠等10个疗区和辅助业务科室30余个。长春中医院在职职工679人，其中专业技术人员567人，副主任医师以上105人。
第五名辽源市中医院神经内科
辽源市中医院始建于1984年4月，1994年被评为全国示范中医院，1997年通过了三级甲等中医院评审验收，1998年成为吉林省首批高等医学院校教学医院，1999年经吉林省卫生厅批准，医院成为长春中医药大学非隶属关系附属医院，2015年，经上级批准设立“辽源市中医院院士工作站”。在吉林省中医系统中，医院规模、设备、服务、人才、收入等综合排名位居前列，已成为集医疗、教学、科研、预防、保健、康复为一体的大型综合性三级甲等中医医院。 [收起]