吉林治疗先天性心脏病比较好的二甲医院有1、吉林市儿童医院，2、抚松县中医院，3、四平爱龄奇医院等，先天性心脏病属于，吉林市儿童医院疾病医疗设施齐全，在疾病治疗方面有着丰富的经验；抚松县中医院口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名吉林市儿童医院
吉林市儿童医院前身为希天医院，始建于1924年，1954年改为吉林市儿童医院，是吉林地区唯一一所集医疗、教学、科研为一体的二级甲等综合性儿童专科医院，吉林市新生儿救治中心，吉林市儿内科质量控制中心，吉林市儿科医联体核心医院，国家、省、市脑瘫定点医院，国家、省、市孤独症定点医院，吉林地区唯一专业诊治儿童重大感染性疾病的定点医院，吉林市新农合、城镇医疗定点医院，承担了全国流感样病例、省食源性疾病、市级痢疾的哨点检测工作、吉林市市级残疾人的治理测评工作，担负着吉林地区18周岁以下约六十万儿童的预防、医疗、保健任务，危急重患儿的医疗救护工作，残疾儿童预防康复工作及儿童感染性疾病的诊疗、隔离及救治任务。
第二名抚松县中医院
抚松县中医院座落在风光秀丽的长白山脚下，它是一所集传统医学与现代医学为一体的综合性医院，是白山地区唯一一家二级甲等中医院，是抚松县创伤定点医院、交通定点医院、医疗保险定点医院、县妇女儿童伤情鉴定中心，县农村合作医疗定点医院，国家中医药管理局急诊项目单位，抚松县健康体检中心设置地。医院在2005年多方面争取资金，对医院环境进行了全面改造，为患者创造了更加优美舒适的就医环境。抚松县中医院现有在职人员182人，其中高级职称的15人，中级职称的50人，面积6600多平方米，床位205张。
第三名四平爱龄奇医院
　　四平爱龄奇医院,是中国人民解放军第207医院撤编后,于1998年12月改制组建的四平市第一家大型综合性隶属于吉林省阳光医院集团的民营医院医院占地面积32000平方米,总建筑面积21800平方米开放床位400张,设置22个临床医技科室,39个专业学科和糖尿病、药物、肝病3个研究所,一个现代化肿瘤治疗中心员工387人,其中副主任医师以上专业技术人员57人,中级技术骨干77人,是一家集医疗、教学、科... [收起]