全国治疗小阴茎比较好的三甲医院有1、深圳市妇幼保健院，2、深圳市第六人民医院，3、深圳市儿童医院，4、和平妇幼保健院-附院，5、复旦大学附属眼耳鼻喉科医院等，小阴茎属于，深圳市妇幼保健院疾病医疗设施齐全，在疾病治疗方面有着丰富的经验；深圳市第六人民医院口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名深圳市妇幼保健院
深圳市妇幼保健院始建于1979年,医院专业科室主要有综合门诊、妇女保健科、妇女健康中心、儿童保健科、口腔病防治中心、生育保健科、乳腺保健科、生殖健康科、新生儿疾病筛查中心、中心实验室、中医科病房、儿童眼保健科、妇幼卫生信息科、妇幼健康教育科等。
第二名深圳市第六人民医院
南山医院又名深圳市第六医院,深圳市南山区人民医院，设有44个临床科室、19个医技科室和30个行政后勤科室,下辖25个社康中心，拥有市级重点学科疼痛科,建于1990年,2002年被评为“深圳市卫生局重点特色专科”。2009年成为中华医学会疼痛学分会疼痛医生培训基地(深圳),同年成立广东医学院疼痛学教研室。目前其规模及诊疗水平位居广东省乃至全国前列。
第三名深圳市儿童医院
深圳市儿童医院位于市中心区，1998年初正式开院，是一家集医疗、保健、科研、教学为一体的现代化综合性儿童医院和儿科急救中心，现设有10个儿内科病区、8个儿外科病区及重症医学、五官科、中医、特需等病区，专业设置齐全，涵盖了大型综合儿童医院全部业务科室。儿科学被评为广东省临床医学重点专科，小儿呼吸专业为广东省重点学科，小儿风湿与免疫为广东省临床特色专科；儿童重症疾病分子诊断实验室被评为深圳市科技创新委重点实验室。医院拥有小儿血液肿瘤、免疫、呼吸、神经、新生儿、重症医学及小儿外科七个市级医学重点专科。
第四名和平妇幼保健院-附院
国际和平妇幼保健院（以下简称“保健院”）是1952年由国家名誉主席宋庆龄为保护妇女和儿童健康而创办的医院。前身是上海胶州路妇幼保健站和沪西女工保健站,均设立在沪西纱厂女工较多的地区。　　国际和平妇幼保健院,1951年9月18日,宋庆龄获得“加强国际和平”斯大林国际奖金10万卢布,她在支票的背面亲笔写上“此款捐赠中国福利会作妇儿福利事业之用”,决定用此款在原妇幼保健站的基础上,筹建一所妇幼保健院。妇...
第五名复旦大学附属眼耳鼻喉科医院
复旦大学附属眼耳鼻喉科医院坐落于徐汇区汾阳路83号。医院由国家一级教授胡懋廉、郭秉宽等创办于1952年，创办时名为上海医学院眼耳鼻喉科学院。2000年上海医科大学与复旦大学合并后更为现名。如今是全国范围内唯一一所集眼科和耳鼻喉科医疗、教学、科研为一体的三级甲等专科医院。2006年获得第二冠名——上海市五官科医院，亦为上海市红十字冠名医院、国家临床药物实验机构。医院占地33亩，实际开放床位374张，设有眼科、耳鼻喉科、放疗科、麻醉科、急诊科、口腔科、激光整形科、护理八个临床科室和放射、病理、药剂、 [收起]