全国治疗咽扁桃体癌比较好的三甲医院有1、北京协和医院，2、北京301医院，3、华中科技大学同济医学院附属同济医院，4、北京医院，5、中国医学科学院肿瘤医院等，咽扁桃体癌属于外科，北京协和医院外科疾病医疗设施齐全，在外科疾病治疗方面有着丰富的经验；北京301医院外科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名北京协和医院外科
北京协和医院是集医疗、教学、科研于一体的现代化综合三级甲等医院，是国家卫生健康委指定的全国疑难重症诊治指导中心，最早承担高干保健和外宾医疗任务的医院之一，也是高等医学教育和住院医师规范化培训国家级示范基地，临床医学研究和技术创新的国家级核心基地。以学科齐全、技术力量雄厚、特色专科突出、多学科综合优势强大享誉海内外。在复旦大学医院管理研究所公布的“中国医院排行榜”中连续十年名列榜首。
第二名北京301医院外科
中国人民解放军总医院（301医院）创建于1953年，是集医疗、保健、教学、科研于一体的大型现代化综合性医院。设置165个临床、医技科室，233个护理单元，拥有8个国家重点学科、1个国家重点实验室、20个省部级及全军重点实验室、33个全军医学专科中心和研究所，形成了以综合诊疗为特色的13项专业优势。
第三名华中科技大学同济医学院附属同济医院外科
长江之滨，黄鹤楼下，有一所海内外闻名遐迩的医院，她就是华中科技大学同济医学院附属同济医院。 同济医院1900年由德国医师埃里希.宝隆创建于上海。1955年迁至武汉。经过120年的建设与发展，如今已成为学科门类齐全、英才名医荟萃、师资力量雄厚、医疗技术精湛、诊疗设备先进、科研实力强大、管理方法科学的集医疗、教学、科研为一体的创新型现代化医院，其综合实力居国内医院前列。
第四名北京医院外科
 　　北京医院的前身是德国医院，始建于1905年。现为国家卫生计生委直属的三级甲等医院，是中央的干部保健基地。北京医院是一所以高干医疗保健为中心、老年医学研究为重点 、向社会全面开放的融医疗、教学、科研、预防为一体的现代化大型综合性医院。 　　北京医院位于北京市中心，毗邻长安街、崇文门、台基厂、东交民巷。占地面积55800多平方米，建筑面积227788多平方米，现有床位1100张，职工2673人。...
第五名中国医学科学院肿瘤医院外科
中国医学科学院肿瘤医院，始建于1958年，原名日坛医院。1963年增设肿瘤研究所，此后又相继建立了河南林州、江苏启东等肿瘤高发防治现场。1983年迁至北京市东南龙潭湖畔，更名为中国医学科学院肿瘤医院肿瘤研究所，1996年通过三级甲等医院评审。中国医学科学院肿瘤医院是建国以来第一家肿瘤专科医院、亚洲地区最大的肿瘤防治研究中心，是国家临床医学研究中心、国家肿瘤规范化诊治质控中心、国家食品药品监督管理局认证的国家药物临床研究基地，是集医教研防于一体，全方位开展肿瘤相关基础研究和临床诊治的国家标志性肿瘤专科医院。 [收起]