安徽治疗小儿甲状腺疾病比较好的医院有1、安徽医科大学第一附属医院，2、安徽省立医院，3、蚌埠医学院第一附属医院，4、合肥市第一人民医院，5、安徽医科大学第二附属医院等，小儿甲状腺疾病属于，安徽医科大学第一附属医院疾病医疗设施齐全，在疾病治疗方面有着丰富的经验；安徽省立医院口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名安徽医科大学第一附属医院
安徽医科大学第一附属医院是集医疗、教学、科研、预防、康复、急救为一体的大型综合性教学医院，为国家卫生应急医疗移动救治中心和安徽省紧急医疗救治基地。医院前身为上海东南医学院附属东南医院，创办于1926年。1949年内迁至安徽怀远县，1952年迁至合肥市。1993年成为卫生部首批三级甲等医院。医院连续九年入围中国最佳医院百强榜，综合实力稳居安徽省前茅。
第二名安徽省立医院
医院前身为合肥基督医院，始建于1898年，历经风雨洗礼，已发展成为一所设备先进、专科齐全、技术力量雄厚，集医疗、教学、科研、预防、保健、康复、急救为一体的省级大型三级甲等综合性医院。目前由中国科学技术大学与安徽省卫生健康委员会双重管理。
第三名蚌埠医学院第一附属医院
蚌埠医学院第一附属医院（蚌埠医学院附属肿瘤医院）是皖北地区规模最大的集医疗、教学、科研、预防、康复、保健和急救为一体的大型综合性医院，也是卫生部首批三级甲等医院、国家级爱婴医院、国家药物临床试验机构。医院始建于1952年，前身为国家水利部治淮委员会直属医院，1958年医院更名为蚌埠医学院附属医院，2006年更名为蚌埠医学院第一附属医院，2010年增名蚌埠医学院附属肿瘤医院。
第四名合肥市第一人民医院
合肥市第一人民医院于1954年开诊，是一所集医疗、教学、科研、保健、预防、康复、急救、健康检查、临终关怀为一体的大型三级甲等综合性医院。2004年率先成立全省首家国有医疗集团，2006年经安徽省政府批准成为安徽医科大学第三附属医院。
第五名安徽医科大学第二附属医院
安徽医科大学第二附属医院是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复等多功能于一体的非营利性、三级甲等现代化综合性教学医院。目前共开设了30余个临床科室和10余个医技科室，有肿瘤科、麻醉与围术期医学科、呼吸与危重症医学科、骨科、肾内科、血液内科、儿科7个省级临床重点专科。医院为挖掘内在潜力，重点培育发展，着力实施“建名科、树名医”战略，加大对学科建设的投入和扶持力度，2015年确定麻醉与围术期医学科、肾脏内科、康复运动医学科、骨科、泌尿外科、检验科、眼科和放射科8个院级重点发展专科。医院以这些重点学科为依托，整合资源，协调发展，形成具有我院特色的学科建设方向。 [收起]