职业病科始建于1970年，是省内批准的第一家工伤康复治疗定点医院。科室规模不断扩大，建筑面积现已达1452平方米，科室环境显著改善。现设三个病区，床位90张，工作人员37人，其中专科医师14人，护理人员23人，具有研究生学历者8人。
　　职业病科主要承担对接触有毒有害物质的作业人员进行职业健康检查、职业病诊断及医疗康复等工作。诊治病种包括各类尘肺、各种职业性急慢性中毒(如金属中毒、化学物中毒、有机气体中毒等)、各种物理因素造成的职业性损害(如中暑、振动病、减压病等)等。 职业病科依托于山东中医药大学第二附属医院综合优势，借助超导型核磁共振、双螺旋CT、16层螺旋CT、DSA、ECT、DR、CR、数字胃肠机、心脏彩超、超级准分子激光仪、全自动生化仪等先进医疗设备。协同临床各专业科室，为病人提供全方位、有特色、高层次的综合医疗服务。 职业病科在积极运用现代医学成果为病人开展治疗的同时，继承和发扬祖国传统医学的优势，努力探索开展中西医结合治疗职业病的有效方法，在总结以往成功经验的基础上，博众家之长，自行研制的“尘肺一号”等系列中药汤剂现已常规应用于临床；开展了耳穴压豆、穴位敷贴、穴位注射、中药熏蒸、中药汤剂外洗、针灸拔罐等多种中医治疗方法；利用我院康复保健中心的独特资源，为病人进行康复理疗。在抑制肺纤维化进程、提高患者免疫力、改善患者症状、提高患者生活质量等方面取得了良好疗效，充分展示了中西医结合治疗职业病的独特优势和光明前景。 职业病科率先在省内职业病临床机构建立了ICU(重症监护)病房，仪器设备配套完善，并配置了专业性强、有丰富急、危、重症诊疗经验的医护人员从事该项工作，具备了对尘肺晚期危重病人、急性中毒及其他危重症病人进行抢救治疗的能力和良好的基础条件，现已成功救治多脏器衰竭、急性中毒患者多人。
　　职业病科设有独立的实验室，现有KL型淋巴细胞分析仪和UNICAP血清过敏原测定仪，开展T淋巴细胞亚群临床检测，能够观察病人的机体免疫状态，指导临床治疗；UNICAP血清过敏原测定仪可进行特异性过敏原的测定及相关指标检测，能够为从事接触含有异氰酸盐、酸酐类等化学物质的职业性哮喘患者的诊断提供金标准，并能检测可引起各类过敏性疾病的致敏原(如常见的尘螨、宠物毛屑、花粉、食物蛋白等)，提供过敏性鼻炎、过敏性哮喘等过敏性疾病的实验室诊治依据。