海南治疗先天性短食管比较好的医院有1、海南省妇幼保健院，2、海口市妇幼保健院，3、海南省人民医院，4、海南医学院第一附属医院，5、海南省农垦三亚医院等，先天性短食管属于儿科，海南省妇幼保健院儿科疾病医疗设施齐全，在儿科疾病治疗方面有着丰富的经验；海口市妇幼保健院儿科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名海南省妇幼保健院儿科
海南省妇幼保健院系海南省卫生厅直属的，具有公共卫生性质的省级非营利性医疗保健机构，设有儿科、新生儿科、妇科、产科、儿童保健科、妇女保健科、儿外科、乳腺外科、检验中心、遗传实验室、新生儿疾病筛查中心等业务功能科室
第二名海口市妇幼保健院儿科
海口市妇幼保健院始建于1951年11月，是一家集保健、医疗、科研、教学于一体的多功能三级妇幼保健机构。医院设有10个临床专科(国兴产科、妇科、国兴儿内科、新生儿科、乳腺科、儿外科、麻醉科手术室、国兴门(急)诊、解放东妇产科、解放东儿科)，6个保健科室(妇女保健科、儿童保健科、健康生殖科、妇幼信息科、儿童康复科、体检中心)，4个医技科室(影像科、功能科、检验科和药剂科)，年门诊30万余人次，住院人次近2万，固定资产逾亿元，是目前全省最具规模、现代化医疗水平的妇女儿童专科医院。
第三名海南省人民医院儿科
海南省人民医院是省直属的综合性三级甲等医院，医院托管了省耳鼻咽喉头颈外科医院；设有15个医学中心，74个临床医技科室，23个研究室（实验室）。专家云集，拥有高级技术人员739人，硕士博士701人，国家有突出贡献的中青年专家、政府特贴专家、省优秀专家29人。
第四名海南医学院第一附属医院儿科
海南医学院第一附属医院是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、急救于一体的三级甲等综合医院。复旦版中国医院综合实力排名（2017年度）中，居华南区第16位，专科声誉排行榜中，生殖医学居于华南区第2名，健康管理专科居华南区第4名，2018年我院“临床医学”成为海南省首个进入ESI全球排名前1％行列的学科。
第五名海南省农垦三亚医院儿科
海南省农垦三亚医院(海南省第三人民医院、哈尔滨医科大学附属第一医院海南分院、海南医学院教学医院)建院于1962年，是目前海南省南部唯一的一家集医疗、教学、科研、康复、急救于一体的大型综合性三级甲等医院。设有临床科室27个，医技科室13个，有儿童发育行为中心、健康体检中心，特诊VIP室、涉外医疗服务部，门诊部设26个专科诊室，24小时开放急诊。 [收起]