山东济南治疗肛门直肠先天性畸形比较好的医院有1、山东大学齐鲁医院，2、山东省立医院，3、山东省中医院，4、山东大学第二医院，5、济南市中心医院等，肛门直肠先天性畸形属于外科，山东大学齐鲁医院外科疾病医疗设施齐全，在外科疾病治疗方面有着丰富的经验；山东省立医院外科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名山东大学齐鲁医院外科
山东大学齐鲁医院是国家卫生健康委委属（管）医院，教育部直属重点大学——山东大学的直属附属医院，首批委省共建国家区域医疗中心（综合类）牵头和主体建设单位。医院始建于公元1890年，先后称华美医院、共合医院（JinanUnionMedicalCollegeHospital，亦译“济南协和医学院附属医院”）、齐鲁医院、山东医科大学附属医院等，2000年10月更名为山东大学齐鲁医院。建院129年来，医院秉承“博施济众、广智求真”的医院精神，遵循“医道从德、术业求精”的院训，打造形成了门类齐全的学科体系、实力雄厚的人才队伍和国内先进的医疗、教学、科研平台，成为国家重要的区域性医学中心之一。
第二名山东省立医院外科
山东省立医院始建于1897年，迄今已有122年历史。现已发展成为集医疗、科研、教学、预防保健、指导基层为一体的大型综合性三级甲等公立医院，有中心院区和东院两个院区，年门急诊总量404万人次，年出院患者15.86万人次，手术8.51万台次，医疗综合服务能力全省第一。2018年，医院在复旦大学中国医院排行榜位列第46，华东区综合实力位列第14;“中国顶级医院100强”位列第28。
第三名山东省中医院外科
山东中医药大学附属医院、山东省中医院始建于1955年，是新中国成立以来建院最早的中医院之一。医院践行“继圣贤传承、佑民生福安”的宗旨，不忘初心、牢记使命，传承发展中医药事业，现已成为一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复于一体的大型三级甲等综合性中医医院，是全国示范中医院、国家中医临床研究基地、国家中医药传承创新工程建设单位、国家药物临床试验机构、国家中医药考试工作基地、首批全国中医规培基地。医院现有东西两个院区，占地面积187亩，总建筑面积20.7万平方米，“十三五”末总建筑面积将达32.5万平方米。
第四名山东大学第二医院外科
山东大学第二医院座落于历史文化名城泉城济南北部，是国家卫生健康委员会委属（管）医院。设立临床医技科室68个，护理单元107个，其中国家临床重点专科建设项目5个（泌尿外科、肾脏内科、临床护理学、胸外科、乳腺外科），山东省临床重点专科建设项目14个（小儿内科、急诊科、产科、骨科、心血管内科、消化内科、内分泌科、妇科、普外科、神经外科、康复医学科、神经内科、眼科、胸外科），依托山东大学的省级重点学科6个（内科学、外科学、耳鼻喉科学、影像医学与核医学、口腔临床医学、护理学），山东省医药卫生重点学科5个（泌尿外科、肾脏内科、神经外科、神经内科、肾移植科），肺部疾病精准诊疗为省级临床精品特色专科。
第五名济南市中心医院外科
济南市中心医院是市属大型综合性三级甲等医院，是山东大学和山东第一医科大学两家高校的非隶属附属医院。自建院之初就是山东医学院三大教学医院之一。医院现为山东大学齐鲁医学院济南临床学院、国家药物临床试验机构、国际SOS合作医院、市国际医疗保健中心、住院医师国家规范化培训基地等，设有博士后科研工作站、二个院士工作站。医院分为中心院区和东院区，占地面积320亩。医院拥有高端PET-CT，3.0T核磁共振，双源CT，DSA，直线加速器，高端彩超等万元以上设备2535余台（件）。拥有全省规模最大的血液透析中心，现代化的基础和临床实验室。 [收起]