内蒙古治疗流行性乙型脑炎比较好的医院有1、呼和浩特市第二医院，2、通辽市传染病医院，3、呼伦贝尔市第二人民医院，4、内蒙古医科大学附属医院，5、内蒙古自治区人民医院等，流行性乙型脑炎属于传染科，呼和浩特市第二医院传染科疾病医疗设施齐全，在传染科疾病治疗方面有着丰富的经验；通辽市传染病医院传染科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名呼和浩特市第二医院传染科
呼和浩特市第二医院是一所集医、教、研为一体，由中华人民共和国卫生部授予的三级乙等传染病专科医院。医院科室设置齐全，设备先进，设有百万级层流手术室、负压病房、ICU病房。医院将不断完善肠道、呼吸道、皮肤性病、肝癌介入和针对传染病患者的血液透析、外科、病理科、妇产科等特色科室。
第二名通辽市传染病医院传染科
通辽市传染病医院是一所传染病防治专科医院。目前开设有肝病消化内科、结核呼吸内科、肝病中西医结合科，肝胆外科，乙肝母婴阻断妇产科，皮肤性病科，临床检验中心，艾滋病筛查中心和突发公共卫生事件应急救治中心等多学科建设。
第三名呼伦贝尔市第二人民医院传染科
市结核病防治院（呼伦贝尔市第二人民医院），历史悠久，成立60余年，是一所三级乙等公立医院。医院承担着内蒙古东部盟市及黑龙江省西部地区的病人疾患诊疗工作，现已成为以治疗结核病为...
第四名内蒙古医科大学附属医院传染科
内蒙古医科大学附属医院坐落于塞外青城呼和浩特，是内蒙古医科大学的直属附属医院。医院现有国家临床重点建设专科3个，分别是神经外科学、普通外科学和蒙医科学。内蒙古自治区医疗卫生领先学科8个（普通外科学、妇科学、重症医学、口腔颌面外科学、蒙医肺病学、麻醉学、放射肿瘤学、核医学），自治区医疗卫生重点学科18个（皮肤与性病学、耳鼻咽喉科学、呼吸内科学、内分泌学、肾脏内科学、消化内科学、心血管内科学、风湿病学与自体免疫病学、神经外科学、胸外科学、儿科学、实验诊断学——临床检验学、超声医学、神经内科学、产科学、急诊急救医学、医学影像学、临床护理学），有自治区级的医疗质量管理和控制中心13个。
第五名内蒙古自治区人民医院传染科
内蒙古自治区人民医院成立于1947年，是全区最大的三级甲等综合性医院。现有院士专家工作站11个，国家级基地和机构13个，国家卫生系统医学工程重点专科1个，国家级临床重点专科2个，自治区级研究中心和基地9个，自治区级医疗质量控制中心16个，自治区临床医学领先学科11个，自治区临床医学重点学科16个，蒙医消化科、中医肛肠科2个自治区蒙医中医特色优势重点建设专科，呼吸疾病重点实验室、内镜消化疾病重点实验室2个自治区重点实验室。 [收起]