儿科组建于1971年。初期床位36张，历经7任科主任（侯棘如、谭天锦、陈晋秋、吕敦泳、林素莲、陈茂荣、吴谨准）的带领下，逐步发展成今天全市规模最大的130张床位，目前拥有三级专业10个：新生儿、重症监护、呼吸、血液、肾脏、神经、内分泌、心血管、儿童保健、消化专业。2010年儿科医生在职人员40名，护理人员75名。
　　儿科目前分为三个病区：一病区：收治血液、消化、肾脏、神经、心血管患儿。二病区：收治呼吸、内分泌系统疾病患儿及儿科重症监护病房。新生儿病区：收治出生~28天早产儿、新生儿。儿科病房拥有完整三层楼共130张床位。其中ICU床位26张（NICU16张、PICU10张）。儿科门诊设有独立的10个专科诊室，肺功能室、雾化室、免疫治疗室、采血室、儿科药房、儿科收费处等同在一个区域内，方便病儿的就医。2007~2009年业务工作量年收住病人4800~5400余人次，年门急诊量23-30万人次。年业务收入近3000万元。其专科规模及业务量在全省三甲医院中位居前列。
　　儿科现有设备：近2000万元。万元以上设备有：呼吸机15台，CPAP14台，中央监护系统二套（PICU、NICU各一）、新生儿辐射抢救台14台，视频连续脑电监护仪、小儿超细纤支镜系统、血液灌流器、连续肾脏治疗仪、无创心功能监测仪、临时体外起搏器、NO治疗系统、亚低温治疗仪、头颅B超、多导呼吸睡眠监测仪、婴幼儿肺功能仪、新生儿黄疸光疗仪10台、多功能早产儿保温箱24台、微量血气分析仪、监护仪60台，输液/推注泵100台等。新生儿专用转运救护车（含转运暖箱及转运呼吸机等）一台等。
　　儿科人才梯队：
　　儿科目前有主任医师8名，副主任医师12名，主治医师7名，住院医师10名，其中具有硕士学历20名，博士5名。护理人员75名。2008~2012年派送5名医师赴加拿大、新西兰及美国进修新生儿及呼吸专业。
　　1、福建省新生儿救治厦门市分中心
　　于2004年由省卫生厅经评估后正式授牌。每年收治新生儿1800-2000余名。目前有主任医师3名，副主任医师3名，主治医师2名，住院医师4名，其中硕士6名。中心主任庄德义为中华医学会急救学会儿科学组委员、省儿科医学会新生儿学组委员。中心在危重症新生儿的抢救、早产儿尤其是极低、超极低出生体重儿的治疗护理等方面积累丰富经验，曾成功救治最低体重仅650克，最小胎龄26周的超低体重出生儿，早产儿占新生儿总数2/3。处于厦门闽南地区的先进水平。
　　一批新的具有全国先进水平的诊疗、科研项目巳在我中心成熟开展，如连续脑电（如aEEG）监护、缺氧缺血性脑病的亚低温治疗，肺动脉高压的一氧化氮治疗等。
　　中心在2004年经省卫生厅考核评估，正式挂牌“福建省新生儿救护网络厦门分中心”，负责整个厦门地区的危重新生儿救治工作。2006年被市卫生局列为规划重点学科，获3年120万元的资助。在医院的重视下，中心专门备有危重新生儿转运救护车一辆，24小时全天候转运厦门地区基层医院的高危新生儿/早产儿。每年转运危重新生儿300~400名。
　　2、自1996年起率先在厦门地区开展规范化的支气管哮喘吸入治疗。98年成立我市第一个儿科哮喘专科门诊。2004年成立我市第一个儿科呼吸专科病房，设床位25张。年收治病人数1000余例。专科门诊7000余人次。
　　学科带头人吴谨准为中华医学会儿科分会呼吸学组委员；中国医师协会儿科分会委员；全国儿科哮喘防治协作组秘书；福建省医学会儿科分会常委，厦门市医学会儿科分会主任委员；福建医科大学儿科系副教授。
　　专科巳开展的诊疗项目有婴幼儿肺功能的测试、过敏原皮肤点刺试验、阻塞性睡眠呼吸障碍综合征的监测、小儿纤支镜检查术、鼻窦B超检测、哮喘的脱敏治疗，各类重症肺炎、脓胸、气胸、肺不张、呼吸衰竭的诊治等。
　　3、肾脏专科
　　主任医师2名，博士1名。设专科床位12张，收治儿科肾脏病人，肾病综合征，肾炎、?癜性肾炎、狼疮性肾炎、肾功能衰竭、尿毒症等。肾脏专业博士一名，副主任医师2名。是厦门地区最早开展肾脏穿刺活检的单位，2002年起所开展的TBMNO针在B超引导下行肾脏穿刺术在国内属先进水平。
　　4、血液专科厦门市唯一的儿科血液病专科病房，成立于1998年。专业组有副主任医师1名，主治医生1名、硕士1名，目前开设儿科血液病床位14张，层流床一张。采用国内最新白血病治疗方案，使白血病患儿5年存活率较前明显提高。
　　每年诊治厦门及周边地区的血液系统疾病患儿上百例，包括小儿营养性贫血、地中海贫血，蚕豆病，遗传性球形红细胞增多症、血友病、血小板减少性紫癜、再生障碍性贫血及小儿白血病，肿瘤，噬血细胞增生症等，特别在难治性血小板减少性紫癜及再生障碍性贫血上，应用最新的多药联合方案，使治愈率大大提高。
　　5、儿科消化道疾病在儿科是常见病、多发病。每年冬春季节有大量的轮状病毒肠炎患儿，成为儿科日常的主要工作之一。2007年起我科和内窥镜室联合开展小儿消化内窥镜镜下检查和病理检查，规范的治疗小儿慢性胃炎，小儿消化道溃疡。消化专业同时开展了C13检测幽门螺杆菌，钡剂及碘油检查消化道疾病。
　　6、内分泌专科
　　副主任医师1名，硕士1名。主治糖尿病、儿童生长发育迟缓、性早熟及身材矮小等儿科内分泌异常患儿。专科门诊巳开设10年。
　　主任医师1名，副主任医师1名。设床位12张。在儿童川畸病、心肌炎、心律失常、先天性心脏病的诊治方面有着丰富经验。
　　7、神经专科
　　收治各种神经系统感染性疾病，如：化脓性脑膜炎，结核性脑膜炎，病毒性脑炎，脑寄生虫病等。且对重症脑炎的抢救，积累丰富经验。收治各种神经系统脱髓鞘性疾病，如急性播散性脑炎，脑白质营养不良等、各种周围神经性疾病和肌肉性疾病，如：格林巴利，重症肌无力等。已开设癫痫专科门诊，用国际统一先进治疗方法综合管理病人，定期随防病人，并对存在的心理障碍进行干预。药物治疗小儿多动症和抽动症，并进行行为干预。
　　对高危儿的脑损伤定期随访，积极进行早期干预，早期诊断脑性瘫痪，制定科学康复方法，指导家庭康复训练，以提高其生活质量。综合治疗智力低下和发育迟缓等疾病。目前可进行检查有：头颅CT，头颅MRI，视频连续脑电监护、肌电图、听视觉诱发电位、神经传导速度、各种血生化检查，各年龄段的智力测定等。
　　8、.儿童保健专业主要从事儿童体格生长及心理发育方面的保健。前者主要进行营养及生长方面的评估，后者则从事儿童心理发展及健康咨询。现诊治的疾病有行为障碍如：多动症、抽动症、违抗障碍、品行障碍、神经性厌食及神经性贪食；儿童神经症如：强迫症、癔症、恐惧症及焦虑症；发育障碍如：遗尿症、言语或沟通障碍、精神发育迟滞及广泛性发育障碍；另对诸如：脑性瘫痪、肥胖症及癫痫等慢性疾病伴发的心理问题进行治疗。
　　9、儿科重症专业
　　技术力量：主任医师2名，副主任医师1名，主治医师1名。设床位10张，其中感染隔离病房2张。全病房层流净化空气系统。呼吸机4台，多参数监护仪10台，血液灌流器1台，连续脑电监护、超细纤支镜等先进设备。在抢救呼吸衰竭、感染性休克、急性肾功能衰竭、重症脑炎、多脏器功能衰竭、中毒、溺水等方面拥用成熟规范的治疗经验。2009年经省卫生考核评估，“福建省儿童急救厦门市分中心”正式挂牌我科。同年被确定为市卫生局重点学科，获三年300万的经费支持。2010年经卫生部审核，我科重症专业获国家卫生部重点学科称号，获1000万的学科建设经费支持。