耳鼻咽喉科为苏中及苏北地区规模最大、水平最高、现代化程度及设施最优以及具有自身特色学术风格的耳鼻咽喉-头颈外科。1998年获得硕士学位授予权，是目前江苏省耳鼻咽喉-头颈外科仅有的两个硕士点之一。科室拥有一批有影响的知名专家，目前已经形成一支以中青年技术骨干为主的人才梯队。在各级临床医师中，教授(主任医师)4人，副教授(副主任医师)4人，硕士生研究生导师5人，2人拥有博士学位，1人博士在读，6人拥有硕士学位。
　　耳鼻咽喉科病区开放病床40张，年门诊量6万人次以上，年急诊量1万多人次，年住院患者2千人次以上，年手术量(住院患者)1900余台。门诊每天都有专家坐诊，年门诊手术量(非住院患者)近500台。门诊拥有国内一流的内窥镜检查室、听功能检查室、变应源检测及脱敏治疗室及门诊手术室。科室拥有多功能检查治疗台(8台)、Leika手术显微镜、Storz耳内窥镜及气管镜、Storz食管镜、史塞克鼻窦内窥镜及无损伤电动切割器(2套)、耳用高速电钻、微波治疗仪等。
　　耳鼻咽喉科在老一辈专家的带领下最早于省内开展全喉切除手术、听骨链重建手术、镫骨手术、气管镜下异物取出术。近年来在科室上下的一致努力下，临床诊疗水平有了大幅提高，已经初步形成了鼻及鼻颅底外科，耳显微外科，咽喉头颈外科三级分科趋势，专业更细，水平更高。在原有耳显微外科在省内领先的基础之上，目前鼻及鼻颅底外科、咽喉头颈外科均达到省内领先。
　　耳鼻咽喉科鼻及鼻颅底外科方向主要开展：鼻内窥镜下鼻炎、鼻息肉、鼻窦炎功能性内窥镜手术、鼻腔泪囊手术、鼻眼及鼻颅底相关外科手术如鼻内窥镜下视神经减压术、经蝶窦垂体瘤切除术、鼻腔及鼻窦肿瘤的微创手术、肥厚性鼻炎的低温等离子射频消融治疗、过敏性鼻炎的变应原测试及规范的脱敏治疗，年开展鼻窦镜手术700余台，年手术量位于江苏省前列。耳显微外科方向主要开展各种听功能检查及耳及侧颅底疾病的手术治疗：外耳道狭窄的手术成型、鼓膜修补、鼓室成型术、乳突根治及改良乳突根治术、耳源性颅内外并发症的手术治疗、听骨链重建术、镫骨手术、内淋巴囊减压、面神经减压术、中耳癌的颞骨全切及次全切除术，并准备开展电子耳蜗植入、听神经瘤切除等新技术。同时承担南通地区聋儿及成人聋病伤残鉴定工作。咽喉头颈外科方向开展各种咽喉头颈肿瘤及颈部肿块的手术及咽喉各种良性病变的常规显微手术：支撑喉镜下声带小结及声带息肉摘除术、扁桃体及增殖体切除术、头颈恶性肿瘤颈淋巴清扫术、各种保留喉功能的喉癌部分切除术、全喉切除发音管重建术、喉气管狭窄成型术、保留喉功能的下咽癌切除术、上颌骨切除术、鼻侧切开及面中翻揭术。在鼾症的外科治疗上率先采用UPPP+硬腭成型术，UPPP+颏舌肌前移术，UPPP+颈前入路舌根成型术以及射频消融治疗多平面重度OSAHS。两项填补了省内空白，多项填补了南通市及科室的空白。
　　耳鼻咽喉科目前承担省、市及南通大学科研项目9项，发表论文60余篇，出版学术专著2部，先后获得南通市科技进步二等奖奖1项，江苏省新技术引进奖1项。