眼科中心为江苏省医学重点学科，1996年获硕士学位授予权。是江苏省临床重点专科，省高校重点建设学科，省白内障手术医师培训基地。现有医技人员60名，其中医生25名，教授2名，主任医师9名，副教授、副主任医师7名，博士1名，硕士12名，在读博士5名，肩负着医疗、教学、科研和防盲等多项工作。眼科门诊硬件设施齐全，配备有世界一流的眼科检查、治疗设备，如共焦激光角膜显微镜、眼科超声生物显微镜、眼底血管造影、多波长激光机、科以人准分子激光机等。科室设有2个病区，床位50张，有独立的手术室，可同时进行5台手术，医疗服务覆盖省内外。
　　眼科设有白内障超声乳化中心、眼科激光中心、视光学特诊部和眼科整形等中心。眼科激光中心在苏北地区率先引进准分子激光机，已成功治疗近三万名近视眼患者。视光学特诊部主要采用医学验光技术，合理验光、合理配镜，并且有各种框架及镜片以供选择，由专人负责制片，立等可取。
　　眼科在江苏省内率先划分为白内障、青光眼、眼外伤、斜视弱视、眼表整形眼眶病、眼后段等专业组，各专业组既各有所长，组间又能相互协作。主要开展白内障超声乳化吸出术、小切口白内障囊外摘除术、穿透性和非穿透性小梁切除术、睫状体冷冻术、先天性青光眼的小梁切开术、眼前段再造术、玻璃体切除术、眼前后段联合手术、眼球内异物取出术、羊膜移植术、角膜移植、眼眶肿瘤摘除、眼部整形手术、玻璃体切除术、视网膜前膜剥除术、巩膜外冷凝或电凝加压手术、环扎术、硅油填充术等治疗复杂的视网膜脱离、玻璃体积血等，尤其在疑难病例的白内障超声乳化手术，如小瞳孔、青光眼术后无前房眼等的治疗，严重的糖尿病视网膜病变、急性视网膜坏死综合征及眼内炎的玻璃体切除术治疗，带虹膜的人工晶状体植入术、瞳孔成形术、闭合式虹膜根部离断缝合术等复杂性眼外伤治疗方面独树一帜。
　　眼科在眼病防治的基础和临床研究、防盲治盲等方面在省内外具有一定的优势。科室配备有江苏省内唯一的眼科研究所，装备了世界一流的PCR诊断仪、细胞培养室、Leica病理切片机等设备和专门的眼科动物实验中心。近5年，先后承担国家级、省市级课题近三十项，发表论文200余篇，主编《现代基础眼科学》、《现代青光眼手术学》、《现代眼科手术操作技术》等专著和《眼科学》(科学出版社)、《眼保健与眼病预防》(高教出版社)、卫生部视听教材《结膜病》、《角膜病》等教材，取得省厅科研成果12项。
　　眼科是“南通市青年文明号”，南通大学附属医院的“温馨服务示范科室”，“巾帼文明示范岗”， 能为患者提供温馨、满意的服务。 眼科还多次代表国家医疗队赴青海、海南、广西、安徽、内蒙等地开展白内障复明手术近万例，多次受到国务院、卫生部、民政部、中国残疾人联合会、省市政府的表彰。