南京医科大学第三附属医院肛肠外科由肝胆。胃肠肿瘤。肛肠和微创专业组成。床位编制38张，副主任医师2名，主治医师3名，住院医师2名。专业设备有：腹腔镜一套。胆道镜一套。美国超声刀一套。氩气刀一套。多功能取皮机和肛肠治疗仪各一套。
　　肛肠外科开展手术包括：巨大肝癌切除术。高位胆管癌根治性切除术。胰十二指肠切除术。复杂肝胆管?石联合手术。门奇断流术或门体分流术等门脉高压术，胃癌根治术（D2或D4）。结肠癌根治性切除术。直肠癌根治性切除术（包括保留肛门的超低位直肠癌双重器械吻合术）等。
　　肛肠外科近十年来完成手术上万次，其中20%为急诊手术。近年来多次参加全国性腹腔镜研讨会。自94年12月开始进行腹腔镜微创手术以来，全科中级及以上职称医师已熟练掌握了微创技术。
　　肛肠外科目前开展的腹腔镜手术包括：胆囊切除术。肝囊肿开窗引流术。脾切除术。胃穿孔修补术。结直肠癌根治术。肠粘连松解术。阑尾切除术等，其微创手术水平已达到了省内先进水平。
　　肛肠外科有5名医师先后在南京军区总医院。上海长海医院。长征医院。江苏省人民医院进修深造。全科近十年来在省级及以上杂志发表论文数十篇。在扬州地区率先开展了腹腔镜下脾切除术。腹腔镜下结。直肠癌根治术。自98年以来，全科医务人员已连续承担了南京医科大学预防医学专业《外科学》理论教学授课任务。获得仪化公司先进工作者3人次，仪化公司立功奖章2人次，南京医科大学优秀教师1人次。肛肠外科将向广大患者及家属提供一流的技术。一流的质量和一流的服务。