南京医科大学第三附属医院外二科由胸外，脑外，泌尿外三个专业组组成，共有医护人员，人，其中主任医师一名，副主任医师三人。南京医科大学第三附属医院脑外科能开展大脑半球胶质瘤切除术，脑膜瘤切除术及各种类型重型颅脑损伤手术，颅骨缺损修补术，脑积水分流术，在本地区率先开展了经翼点入路开颅术，脑溢血微创手术，重型颅脑损伤的救治在本地区处于领，水平。
　　胸外、脑外、泌尿外科 外科开展了食道癌根治术，贲门癌根治术，肺癌根治术，纵隔肿瘤切除术以及各种类型的严重胸外伤抢救和治疗，其中食管癌，贲门癌根治术等手术成功率在本地区名列前茅，此外，胸外还开展了经胸腔镜下肺大泡切除术等微创手术。
　　胸外、脑外、泌尿外科 泌尿外科能诊治各种泌尿外科常见病，多发病以及各类疑难杂症，开展了膀胱肿瘤切除术，肾癌根治术，肾上腺嗜铬细胞瘤切除术，前列腺增生症经尿道电切除术，还开展了血精患者的精道造影术，前列腺穿刺活检术等手术，对泌尿系统感染也有较丰富的诊治经验，南京医科大学第三附属医院外二科护理组对昏迷，气管切开及重大手术后病人的护理具有丰富的临床经验。