阜外医院麻醉科成立于1956年，是国内建立麻醉科最早的医院之一。尚德延教授为第一任麻醉科主任，从那时起麻醉科就承担胸部及心血管外科的麻醉和体外循环两方面的临床工作，同时建立了麻醉学研究室，包括动物实验室和化验室，有专职人员编制。麻醉科同时有研究室建制,在当时是相当先进，国内领先的。1958年后阜外医院逐渐形成心脏血管专科医院，随着心血管外科的不断发展，麻醉专业及体外循环专业也相应发展。80年代后国门开放，加快了麻醉和体外循环技术的进步，1983年麻醉科人员相对形成了麻醉专业及体外循环专业队伍。1988年后心血管手术量大幅度上升，手术量增加到每天12－13台。1994年7月体外循环专业独立，麻醉科分成两个科室，即麻醉科和体外循环科。
　　麻醉科现有人员61人，其中主任医师9人，副主任医生11人。2010年麻醉科完成阜外医院本部手术室内麻醉9384例，其中心脏移植麻醉60例，手术室外麻醉1200余例，无与麻醉相关的死亡及严重的恶性事件。2011年本部手术室内麻醉为10107例，其中3岁以下小儿心脏麻醉3000余例，心脏移植麻醉52例，心脏移植病例无住院死亡。麻醉科并参与院内急症抢救和术后ICU的大量工作。
　　麻醉科承担了来自国家、北京市和中国医学科学院等大量的科研任务。2010年麻醉科发表SCI论著8篇，中华医学系列杂志或核心期刊杂志论著30余篇。并和外科一起获国家科技奖贰等奖一项，教育部一等奖1项，中华医学科技奖二等奖2项。
　　麻醉科于2011年完成了牵头的国家I类新药心肌肽IV期临床研究。该研究历经10年，从II期开始，25家医疗中心参加，前后入选受试者近5000例。为减少后抑肽酶时代心血管外科手术的出血量和血制品的输入量，麻醉科发起了由32家医疗中心参加的“氨甲环酸减少心血管手术出血量和血制品输入量的多中心临床研究”。该研究的第一部分已经完成，显示了明显的临床效果。
　　麻醉科从1995年起开始举办“全国心血管麻醉和围术期处理研讨会”，每年1次。2002年倡导发起“国际华人心血管麻醉论坛”，从2005年开始，已分别在北京、杭州、台北、香港和新加坡举办了七届。2010年在中华医学会的支持下，成功的举办了第十二届国际心胸、血管麻醉会议（12th International Congress of Cardiothoracic and Vascular Anesthesia SCA），参会代表来自33个国家和地区，注册人数3300余人，国际评价是SCA历史上最成功、规模最大的一次学术盛会，是一次名副其实的世界性学术会议。
　　麻醉科担负我国心血管麻醉医生的培训任务，是我国最早培养麻醉学硕士和博士的单位。每年均有30~40人来自全国各地的医生到麻醉科进修学习，他们为我国的心血管麻醉和心血管外科做出了巨大的贡献。麻醉科为一开放科室，大力提倡国内外学术交流，每年均派出多名医生参加国内外的学术会议，并积极参与国内各地的学术会议，传播心血管麻醉的理论和实践技能。国内有30多家首例CABG都是在麻醉科的帮助下完成的。
　　麻醉科建有各种完善的规章制度，如住院医生培养制度、临床操作规程、科研管理制度、教学管理制度、进修医生培训制度、研究生培养制度、奖金分配制度等。麻醉科在学术上提倡百家争鸣，如在麻醉病人的管理方面，β阻滞药和钙通道阻滞药在围术期的使用、控制性循环理念在心血管外科围术期的应用等均明显提高了心血管麻醉的安全，改善了病人的转归，促进了心血管外科的发展。