心脏中心前身为广州市儿童医院心血管专科,始建于1984年,历经了20多年的发展。随着2006年9月广州市妇女儿童医疗中心的成立,作为医院的重点优先发展专业,2008年9月整合成立了“心脏中心”,下属科室有：心血管专科门诊、心脏彩超室、心血管病区、心脏外科手术室、心脏介入诊断治疗室、心脏重症监护室（CICU）等,已构建成多专业一体化的诊疗体系,从而实现心脏病患者诊疗的“绿色快速通道”。
　　心脏中心目前病房开放床位52张,CICU开放床位30张,心脏手术间3间。配备有各种先进的仪器设备,如飞利浦MP70型多功能中央监护仪系统、德尔格Babylog呼吸机、一氧化氮吸入仪、迈科唯30型体外循环机、欧美达ADU麻醉系统、GE三维超声心动图系统等。
　　心脏中心在婴幼儿复杂先天性心脏病诊断和治疗方面获得了突破性发展。2008年,心脏体外循环手术量达463台,为过去四年手术量总和。2009年,体外手术量为684台,实现历史性突破。目前已完成的手术中小于6月龄的患儿约占51％;法鲁氏四联症、右室双出口、大动脉转位、单心室、二尖瓣闭锁、三尖瓣闭锁、肺动脉闭锁、主动脉弓离断等复杂性先天性心脏病占31％;手术方式包括一期单源化肺动脉闭锁矫治、改良Fontan术、半Fontan术、REV术、大动脉调转术（Switch术）、双调转术（Senning+switch术）、Konno术同期CoA矫治、主动脉弓离断矫治同期心内畸形矫治等高难度手术,手术死亡率低于0.4％,已达到国内领先水平;对新生儿期完全性肺静脉异位引流、大动脉转位等危重患儿实施急诊手术治疗均获得优良的治疗效果。
　　心脏中心不仅开展了心外科和心内科所有的常规诊疗和手术,而且积极开展外科微创封堵技术和内科介入封堵技术,为患者提供更多的治疗选择。