普外科自1952年圣约翰大学、震旦大学、同德医学院等合并成立上海第二医学院时创建，是国内较早成立普通外科学系的医学院校和科室。在董方中、兰锡纯、周锡庚等老一辈杰出外科专家的辛勤努力下创建，继而在邝耀麟、施维锦、王平治、陈治平等前辈的领导下成长，再由吴志勇、曹晖主任的领导下发展壮大，仁济普外科的医教研水平得到不断充实和提高。普外科现有床位230张，拥有胆胰、门脉高压症、胃肠、肛肠、甲状腺、乳房、腹壁与疝六个专业组，设有5个病区和1个特需病区，在编医师69人，其中正高职称9名，副高职称18名。科室中医师拥有博士学位20名，硕士学位33名，占科室成员的77%。年门急诊量约14万人次，每年手术近8000例左右，其中大手术占59%以上，1990年以来，主编和副主编专著11本，在临床规模、床位数、门急诊量、年手术量、手术种类和难度、开展的临床与基础研究等各方面，均处国内普外科领域的第一方阵之一。
　　普外科的医疗特色是国内最早开展门静脉高压症基础与临床研究的单位。继1952年，兰锡纯教授在国内首次施行脾肾静脉吻合术引起轰动后，该科室又率先在国内开展了一系列门脉高压症的外科治疗的积极探索。20世纪90年代，吴志勇教授在门静脉高压症的基础理论研究基础上，提出了脾肾静脉分流加贲门周围血管离断术应成为治疗门静脉高压症上消化道出血的首选术式，在学术界引起很大反响并逐渐获得认同。以吴教授领导的肝胆胰专业组开展的肝右三叶切除，肝门胆管癌采用半肝切除加尾状叶切除的扩大根治术，全胰腺切除术，保留脾动脉、脾静脉的胰体尾肿瘤切除术，联合肠系膜上静脉—门静脉切除重建的胰头十二指肠扩大切除术，解剖肠系膜上动脉的胰颈部肿瘤切除术，以及联合腹腔干切除的胰体肿瘤切除术等复杂大型手术，每年达百余例，取得显著疗效。2001年又成功地施行仁济医院首例肝移植手术，为后期肝移植成为仁济医院品牌效应并取得巨大成功进行了有益探索。仁济普外老一辈外科医生也在科室的成长发展中发挥过积极作用，邝耀麟教授在国内率先提出了用心得安联合控制甲亢症状，减少了药物的毒副作用，治疗效果明显。施维锦教授创建了上海胆道会诊中心，致力于复杂肝胆胰疾病的诊治探索，在胆道肿瘤根治和数次胆道术后胆道再手术等高难复杂手术方面有很高的造诣和知名度。80年代初王平治教授在国内外首次开展的“带蒂臀大肌代括约肌治疗肛门失禁和低位直肠癌保留肛门手术”，对当时的肛肠外科发展起到重要的促进作用。80年代陈治平教授率先在国内引进具有世界先进性水平的日本胃癌分期法，遂提出了根据不同病期合理选择根治范围，从而提高了手术治疗效果，对不同病期胃癌术后疗效的评估也更趋合理，80年代末至90年代初中期，陈治平教授任普外科科主任，推动与上海消化疾病研究所及二医大病理教研室协作，共同培养研究生，鼓励对外交流和国内外学习进修的开展。
　　普外科进入新世纪，涌现了一批90年代毕业的中青年骨干，以罗蒙、王坚、钟鸣、孙勇伟、殷志强、倪醒之等主任为骨干的中坚力量迅速成长，手术技能卓越，临床业务能力强且多有国外学习进修的经历并兼有良好的管理能力，在各自专业领域紧跟学科发展步伐、勇于创新进取，为科室的可持续发展奠定坚实基础，2000年后科室毕业的一批博士、硕士也已经成为科室发展的新生力量。此外，科室在现代影像学技术在胃肠道肿瘤的应用、分期和评估，胃肠肿瘤规范化综合治疗，以及胃肠道肿瘤的微创手术方面进行了积极探索，每年诊治的胃肠肿瘤病人数量在全市名列前茅，每年完成胃肠肿瘤微创手术200余例，使仁济外科在这一领域处于全国前列。同时，胆胰肠结合部损伤、医源性胆道损伤和胆胰肿瘤的治疗方面也形成了自己的特色，胆道三镜联合微创治疗胆道结石以及甲状腺、乳腺、疝手术的规范化治疗也已在临床全面展开并取得成效，吸引了大量病人前来就诊。使仁济普外的年门诊量、住院人数、手术数均居于全市三甲医院前列。
　　普外科的科研特色：胆胰与门脉高压症、胃肠、肛肠、甲状腺与乳房、腹壁与疝五个专业组都在各自的领域里进行临床和基础研究。近五年来普外科共申请到国家自然基金4项、市科委基金15项、卫生局科研基金11项、横向课题10项、浦东基金6项、校基金2项、院基金8项、市教委基金3项、博士点基金4项，总科研经费逾400万。发表论文近200篇，其中SCI收录17篇，科技部论文统计期刊源杂志发表162篇，课题鉴定22项。其中，由吴志勇教授领衔的研究课题“肝硬化门静脉高压症的发病机制与治疗研究”分别获“2006年上海市医学成果二等奖”和“2007年上海市科技进步二等奖”。
　　普外科的建设和教学：普外科是我国首批外科学二级学科的博士学位和硕士学位授予点，并于2008年设立普通外科学博士后流动站。有博士生导师3名，分别担任中华外科学会门静脉高压症学组、胃肠外科学组和胆道外科学组委员，有硕士生导师8名。近五年共培养博士后1名，博士研究生15名，硕士研究生40名。在科主任的带领下，科室科研和临床并重，正努力建设一个学习型团队。进一步提高当地医院的医疗水平。近5年来，由科室主办了一系列国内和国际大型会议，包括 “上海2005肝胆胰外科论坛”、“上海2008肝胆胰外科论坛暨第二十一届全国肝胆胰外科学术会议”，2006年，2008年和2010年连续举办了三届“肛肠外科国际论坛”。2010年我科室成功举办了“第14届全国胆道外科学术大会暨2010中国国际肝胆外科论坛”，国内外众多肝胆外科专家云集上海，吸引了全国各地1300余位外科医师参加，是近年来上海举办的较为成功的外科会议之一，也是上海乃至华东地区首次举办的如此高规格的肝胆外科专题会议，标志科室已跻身国内外科界的先进水平。
　　普外科教研室是上海交通大学最大的外科学临床教学基地之一，在国、内外享有盛誉，非常重视学科在医、教、研三方面的均衡发展，学科目前拥有一支经验丰富、布局合理的临床教学人才梯队。外科教研室专科发展齐全，实力雄厚，学术氛围浓厚，拥有一支高水平的师资队伍，目前承担了临床医学专业（包括五、七、八年制、夜大）、研究生、预防医学专业以及外国留学生的外科学整合教学任务。
　　普外科带头人现任科主任曹晖，医学博士、主任医师、博士生导师。曾在日本东北大学附属医院和美国约翰·霍普金斯大学附属医院临床进修学习。从事消化道肿瘤如胃癌、胃肠间质瘤的基础和临床研究，在国内享有较高声誉，主持并力促开展了规范化和微创化胃肠道肿瘤治疗。担任上海仁济医院外科教研室副主任，中华医学会外科学分会胃肠外科学组委员、上海医学会普外科专业委员会委员、上海医学会普外专委会胃肠外科学组副组长、中国抗癌协会（CSCO）胃肠间质瘤专委会委员、卫生部科教司住院医师培训专家库专家、上海市医疗事故技术鉴定委员会委员、上海市浦东新区劳动司法鉴定委员会委员，仁济医院医疗专家委员会委员。此外还担任《Hepatobiliary & Pancreatic Diseases International》杂志、《Journal of Gastroenterology》杂志、《中华消化外科》、《外科理论与实践》、《胃肠病学》等五种专业杂志的编委,并担任《中华胃肠外科》、《Chinese Medical Journal》、《中华医学杂志》、《上海交通大学学报医学版》、《中国医科大学学报》等杂志的特约审稿专家。作为项目负责人承担上海市科委重大基金资助项目一项，上海市科委基金项目四项，国家教委留学回国人员基金一项，上海交大“医工结合”基金一项，国家高技术研究发展计划（863计划）及上海市新兴前沿技术联合攻关项目分项目子课题负责人。在国内外专业杂志上发表论著、综述100余篇（其中SCI收录10篇，第一作者收录7篇），参与《外科学》全国统编教材及多部外科专著的编写。培养博士研究生8名，硕士研究生14名。