根据临床表现和实验室结果，诊断XLA并不难。但应与其他原因引起的低丙烯球蛋白血症进行识别。2岁以内应与婴儿暂时性低丙烯球蛋白血症进行识别。后者血液循环中的B淋巴细胞数量正常，疾病本身有自我限制，2岁后逐渐恢复正常。儿童患者需要识别常见的变异性免疫缺陷疾病，这可能涉及性别。血液循环中的B淋巴细胞数量正常或减少，血清中的Ig减少较轻。

1.婴儿生理性低丙种球蛋白状态一般情况下，血清Igg不低于350mg/dl，IgM和IgA的含量超过20mg//dl，因此，它可以与XLA区分开来。3个月后血清IgGG可疑病例、XLA可以排除IgM和IgA的明显上升趋势。

婴儿暂时性丙种球蛋白缺乏症本病血清总Ig水平不低于300mg/dl，不低于200mg/iggg/dl，一般于生后18～自然恢复正常需要30个月。

3.严重联合免疫缺陷病(SCID)发病年龄比XLA早，比出生后不久多。病程严重，外周血T细胞和B细胞数量明显减少，三种Ig均较低或无法检测到。T细胞功能缺陷严重，全身淋巴组织发育不良，胸腺小，多低于2g，缺乏胸腺小体。预后比XLA差。

4.慢性吸收不良综合征和重度营养不良儿童同时患有低血浆蛋白血症和低蛋白血症，而低免疫球蛋白血症较轻，不能达到XLA水平，因此容易相互区分。