复旦大学附属儿科医院创建于1952年，由西门妇孺医院分院、中国红十字会第一医院儿科和中山医院儿科合并而成，原名上海第一医学院附属儿科医院，首任院长为国家儿科学一级教授陈翠贞。建院初期，以肇家浜路西门妇孺医院分院旧址为院址，1954年枫林路183号新医院启用。2000年4月原上海医科大学与复旦大学合并，更名为复旦大学附属儿科医院。医院设施优良，人才云集，是集医教研防为一体的综合性儿童专科医院，系卫生部部属“三级甲等”医院，是国家儿科学重点学科、国家“211工程”和“985”工程建设单位，是最早被国家授予儿科学硕士、博士学位授权点、临床医学（儿科学组）博士后流动站的单位。目前是中华医学会儿科分会前任主任委员单位；上海医学会儿科学会主任委员、上海医学会小儿外科学会主任委员单位。是卫生部和上海市儿科专科医师及住院医师规范化培训基地；上海市儿科质控中心依托单位。连续七次蝉联上海市文明单位。2010年获第三届全国医院卫生文化建设先进单位。2012年获卫生部思研会卫生文化建设先进单位。

医院宗旨：一切为了孩子。医院使命：建树医学典范，呵护儿童健康。医院定位：立足上海、服务全国、辐射亚洲。医院愿景：亚洲一流的儿童医学中心，儿科医学教育向全国辐射的中心，中外儿科学术交流的重要桥梁。医院院训：团结、奋进、严谨、创新。

在各级政府的大力支持和关心下，2008年2月29日，座落于闵行区万源路399号的新医院经过将近4年的建设正式启用，医院主体从枫林路搬迁至新医院，原址保留普通儿内科门诊服务功能，以满足周边地区病人的需求。新医院占地153亩，Ⅰ期建筑面积8万多平方米，核定床位由原来的330张增至600张，现开放床位710张。截止2013年底，职工1475人，博士生导师26名，硕士生导师36名，高级职称专家118人。

医院专业设置齐全，共有45个临床医技科室，2010年、2011年、2013年先后有7个专科被确定为国家临床重点专科，包括：新生儿、重症医学科、小儿消化科、中医儿科、新生儿疾病重点实验室、临床护理、小儿外科。新生儿、外科、心血管、传染病等专业曾先后被列为卫生部临床学科重点专业，新生儿科是上海市医学重点学科，儿科学是上海市重中之重重点学科，小儿外科是上海市小儿外科疑难重症临床医学中心，呼吸急救专业是上海市医学领先专业。

医院拥有2个重点实验室，即卫生部新生儿疾病重点实验室和上海市出生缺陷防治重点实验室。2003年-2013年获学科建设和科研项目共计286项，其中国家级课题121项，SCI收录论文550篇（近4年来295篇），获省部级以上奖项28项。复旦大学上海医学院儿科学系设在儿科医院，承担研究生、本科生、进修生等教学任务，儿科学获教育部精品课程和优秀教学团队。

医院高度重视对外学术交流和合作，努力构建儿科医学国际交流的桥梁。先后与美国和加拿大等国家的20多个国际上知名的医学机构建立了密切的协作关系。

建院以来，儿科人本着“尊重、平等、热情、关爱”的服务理念，发扬“勤奋、创业、团结、奉献”的医院精神，以医院文化建设和精神文明建设为抓手，凝聚人心，营造规范有序、和谐稳定的良好就医环境，为成千上万的儿童提供质量优良的医疗保健服务。