北京市门头沟区中医医院是一家以中医为主的二级甲等综合医院，集医疗、护理、教学、预防、康复于一体。医院始建于1956年，由当时石门营、三家店、龙泉务的三家个体诊所组成，是北京市首批成立的区级中医医院之一。当时全院共有职工35人，病床16张，全称为京西矿区联合中医医院。1978年1月，经北京市卫生局批准，正式更名为北京市门头沟区中医医院。1996-1997年，医院病房楼、门诊楼相继投入使用。1998年12月，医院晋升为二级甲等中医医院。2013年，医院以优异的成绩通过了二级甲等医院复审。
目前门头沟区中医医院共有在职员工322人，其中专业技术人员共有270人，其中具有博士研究生学历的有1人，具有硕士研究生学历的有27人，具有大学本科学历的有113人。专业技术人员中具有高级职称的医师有20人，占总数的7.41％，中级职称的医师有90人，占总数的33.33％，医师人才梯队基本完善。此外，医院拥有北京中医管理局命名的“薪火传承3+3工作室”1个，第三批北京市中医药人才(“一二五”人才)培养计划Ⅲ类人才2名，第四批北京市级中医师承指导老师1名，继承人4名，第五批全国中医师承继承人1名，首都群众喜爱的中青年名中医一人，门头沟区青年人才一名。
门头沟区中医医院占地面积约一万平方米，共有编制床位226张，共设有骨伤科、脑病科、糖尿病科、急诊科、外科、推拿科、皮肤科、眼科、针灸科、康复科、口腔科等十一个临床科室。其中骨伤科、脑病科、糖尿病科和外科设有病区，骨伤科被北京市中医管理局批准为市级重点专科，并获得国家级农村医疗机构中医特色专科称号，其自制的活血痹痛膏(黑膏药)由北京市药监局批准为院内制剂，并获得国家专利。脑病科是院内的重点专科，2012年被批准成为北京市中医管理局“十二五”重点专科、国家级重点专科脑病科协作组成员。糖尿病科是以中西医结合为主的特色科室之一，是门头沟区的糖尿病防治中心。外科有北京市卫生局批准成立的狂犬病免疫预防门诊，设有专门的动物咬伤处置室。医院还设有药剂科、检验科、放射科、B超室、心电图室等医技和辅助科室，拥有CT、DR、彩超、全自动生化分析仪、中药颗粒机等万元以上设备百余件，中医诊疗设备达到国家中医药管理局相关要求，能够满足临床诊疗需要。
门头沟区中医医院是门头沟区新农合定点医疗机构，中医药适宜技术培训基地，还是北京市基层中医药学科团队建设基地，连续多年获得门头沟区卫生系统医疗服务先进单位称号。根据北京市中医管理局统一部署，医院还承担门头沟区中医流动医院巡诊任务，负责为偏远山区居民进行巡回义诊。
医院始终密切保持与其他先进医院的交流与合作，先后与北京中医医院、北京中医药大学东方医院结成协作医院，与中国中医科学院广安门医院、中国中医科学院眼科医院和北京中医药大学第三附属医院结为对口支援医院，并聘请了包括国家级名老中医在内的众多外院专家来我院长期出诊。
