我院始建于1949年10月，是一所集医疗、教学、康复、保健、医养结合为一体的三级乙等综合医院，荣获国家级“爱婴医院”、全国综合医院中医药工作示范单位、山东省“改善医疗服务示范医院”、省卫健系统2020年度优质服务单位和智慧服务品牌、山东省医养结合示范单位、菏泽市“五一劳动奖状”、菏泽市干事创业先进集体、菏泽市医养结合信息化建设工作先进单位等荣誉称号。

目前，医院分为总院区、青年湖院区、枫叶正红院区。总院区占地面积127亩，建筑面积9万平方米，编制床位1288张。设有43个临床医技科室，具有心内、呼吸内、神经内、消化内、内分泌、血液、肾内、肿瘤、骨外、手足显微外、普外、胸外、神经外、泌尿外、小儿外、妇产、烧伤整形外等二级专业科室。中医内科顺利通过山东省“十三五”在建重点专科中期评估，健康管理部为全国“健康管理学科建设与科技创新中心”。肝病科现为北京佑安肝病感染病专科医疗联盟首批成员单位，被人工肝“一市一中心”项目授予“全国人工肝及血液净化技术示范中心”，成为我市唯一获此殊荣的单位；2023年在全国肺栓塞和深静脉血栓形成防治能力建设项目中获全国血栓防治中心优秀等级、国家标准化代谢性疾病管理中心、全国眩晕医学专科医联体单位先后授牌。儿科、妇产科、普外科、心内科、泌尿外科、骨科、神经内科、消化内科、神经外科、肿瘤科、急诊科、老年医学科、耳鼻喉科、口腔科、麻醉科、呼吸与危重症医学科、血液内科等17个科室被评为市级临床重点专科，其中儿科现为菏泽市儿科质控中心，菏泽市新生儿救治中心，新生儿科为市级临床精品特色专科，获批山东省县域省级重点专科。骨科一病区为省级优护病房一个，其它病区全部为市级优护病房。
近年来，医院整合优势资源，优化诊疗流程，实施多学科合作，全面加强急诊急救能力建设，“六大中心”建设持续加强，运行管理日趋成熟。“胸痛中心”现为中国胸痛中心；“卒中中心”获批“山东省高级卒中中心”、“国家级综合防治卒中中心”；妇瘤病区通过“省级癌症规范化诊疗病房”验收；菏泽市儿科质控中心、创伤中心、危重症孕产妇救治中心先后挂牌。

现有干部职工2119人，其中卫生专业技术人员1819人；其中正高职称72人，副高职称210人，中级职称884人；有硕士研究生121人。拥有美国宝石能谱CT、联影320排640层高端CT、联影3.0T核磁共振、西门子1.5T超导核磁共振、飞利浦1.5T超导核磁共振、美国GE血管造影机、英国医科达直线加速器、乳腺钼靶、绿激光治疗系统等大中型先进医疗设备。全院拥有万元以上设备1109台套，百万元以上设备86台套，极大地提高了综合救治能力。

近年来相继开展了断掌再植、主动脉球囊反搏术、腹主动脉球囊临时植入阻断下凶险性前置胎盘剖宫产术、颈动脉剥脱术、急诊PCI、经皮颅内动脉取栓术、高速冠状动脉内膜旋磨术、立体定向导航系统精准治疗脑出血等技术走在全市同级医院前列。三四级手术比逐年递增，大大提高了医院“治大病”能力。年服务门诊患者68.11万余人次，出院患者6.5万余人次，手术患者1.9万人次。

坚持中西医协同推进，全院秉承“所有病人都是中医的病人，所有病床都是中医的病床，所有中医师都是临床科室中医师”的大中医理念，不断完善中西医结合相关制度。2023年制定了《菏泽市牡丹人民医院中医药工作专项推进三年行动方案》，倡导临床“减少一袋液体、使用一副中药或一项中医适宜技术”，部分治疗“以中替西”，切实减轻患者和医保负担。

医院突出党建引领，不断强化“党建+”模式，积极推动党建与业务工作深度融合，细化便民服务举措，坚持把“以病人为中心”的服务理念贯穿医疗服务的每一个环节，并逐步向“以人民健康为中心”转变，在强化医疗质量、保障医疗安全的前提下，积极落实进一步改善医疗服务行动计划，不断加快推进医疗服务体系建设。

建立了全市首家医院健康服务平台，设置统一的固话号码7799120，把院内资源和对外服务通道整合在一起，提供一键式24小时服务，全面承担健康咨询、预约诊疗、双向转诊、综合调度、应急管理、投诉建议、满意度调查、大数据管理等工作，切实提升了患者就医感受，取得良好效果。提高了服务效能。