江苏南京治疗小儿继发性免疫缺陷病比较好的医院有1、南京鼓楼医院，2、江苏省人民医院，3、东南大学附属中大医院，4、江苏省中医院，5、南京医科大学附属儿童医院等，小儿继发性免疫缺陷病属于风湿免疫科，南京鼓楼医院风湿免疫科疾病医疗设施齐全，在风湿免疫科疾病治疗方面有着丰富的经验；江苏省人民医院风湿免疫科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名南京鼓楼医院风湿免疫科
南京鼓楼医院，又名南京大学医学院附属鼓楼医院，是集医教研为一体的大型综合性三级甲等医院，拥有国家重点学科、国家临床重点专科9个，省临床医学中心4个、省医学重点学科8个、省级临床重点专科29个，省级质控中心5个，省专科、专病诊疗中心8个、市重点专科30个，博士点23个，硕士点32个。
第二名江苏省人民医院风湿免疫科
江苏省人民医院南京医科大学第一附属医院江苏省人民医院，暨南京医科大学第一附属医院、江苏省临床医学研究院、江苏省红十字医院，是江苏省综合实力强的三级甲等综合性医院，医院现有国家重点学科1个（心血管病学）；国家临床重点专科建设单位18个；省临床医学研究中心5个；江苏高校优势学科1个；省重点学科2个；省“国家重点学科”培育建设点1个；医学重点学科（实验室）16个。
第三名东南大学附属中大医院风湿免疫科
东南大学附属中大医院始建于1935年，其前身为中央大学医学院附设医院，医院拥有国家临床重点专科重症医学科、医学影像学；江苏省优势学科医学技术学；江苏省重点学科：临床医学；江苏省临床重点专科介入放射科、普通外科、心血管内科、骨科、血液内科、急诊医学科、消化内科、肾脏内科、神经内科、内分泌科、麻醉科、肿瘤科、重症医学科、整形外科、病理科、儿科、妇产科、医学影像科、泌尿外科、呼吸内科。
第四名江苏省中医院风湿免疫科
江苏省中医院（南京中医药大学附属医院）创建于1954年10月，为全国首批成立的省级中医医院之一，医院共有5名专家入选，4位专家入选2017年首届全国百名名中医，4位专家荣膺国家岐黄学者，成为国内拥有最多国医大师、最多全国名中医的医院。另有25名全国中医师承指导老师、国家级名医传承工作室专家，白求恩奖章获得者2名，中国医师奖获得者2名，享受政府特殊津贴专家37名，有省级名中医、名中西医结合专家60名，江苏省首批国医名师6名。
第五名南京医科大学附属儿童医院风湿免疫科
南京医科大学附属儿童医院（江苏省儿童医学中心、南京市儿童医院）是一所集医疗、科研、教学、康复、保健为一体的大型综合性三级甲等儿童医院。拥有26个临床专科，其中1个国家级临床重点专科、12个省级临床重点专科、14个市级临床重点专科、2个省“科教强卫工程”医学重点学科、1个省“科教强卫工程”医学创新团队、1个省妇幼重点学科。 [收起]