云南昆明治疗先天性肌缺如比较好的三甲医院有1、昆明市延安医院，2、昆明市儿童医院，3、云南省精神病医院等，先天性肌缺如属于康复医学科，昆明市延安医院康复医学科疾病医疗设施齐全，在康复医学科疾病治疗方面有着丰富的经验；昆明市儿童医院康复医学科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名昆明市延安医院康复医学科
昆明市延安医院前身为上海市延安医院，1970年从上海整体内迁，经过近50年的建设，目前已发展成为学科门类齐全，技术力量雄厚，诊疗设备先进，科研实力强大的综合性临床及科研教学医院。医院于1993年被卫生部评为国家三级甲等医院，是全国百姓放心示范医院、全国文明单位、国家级心脏移植中心、国家级冠心病介入/结构性心脏病介入/心律失常介入专业培训基地、国家级博士后科研工作站设站单位、国家级干细胞临床研究备案机构、国家级药物临床试验机构、国家级医疗器械临床试验备案机构、国家级临床药师培训基地、国家级住院医师规范化培训基地、国家级全科医师培训基地、云南省住院医师规范化培训基地、昆明市基层医师培训基地。
第二名昆明市儿童医院康复医学科
昆明市儿童医院，前身是1920年英国教会（中华圣公会）创办的“惠滇医院”；1950年，由昆明市人民政府接管，改名为“昆明陆军医院妇产分院”；1958年改建为昆明市儿童医院；2012年昆明市委、市政府引进世界500强央企华润集团资金和先进管理理念，把医院改制为非营利性股份制公立医院。医院分前兴和书林两个院区，总占地面积126亩，业务用房面积12万平方米；编制床位900张，实际开放床位1200张。目前医院年门、急诊总量达160余万人次，年住院量近6万人次。现有在职职工1733人。
第三名云南省精神病医院康复医学科
云南省精神病医院创建于1955年，原位于昆明西郊长坡，于1989年搬迁至昆明市穿金路733号。经过60多年的建设和发展,医院已发展成为一所集医疗、教学、科研、康复、预防为一体的大型精神病专科医院。医院是云南省三级甲等精神病专科医院，是昆明医科大学附属精神卫生中心，同时也是云南省精神科住院医师规范化培训基地和云南省精神科护士专科培训基地。医院是省市城镇职工、城镇居民医疗保险、省市离休干部、新型农村合作医疗、异地就医（全省异地就医一卡通）定点医院，同时也是云南省政府十项惠民工程，对急性期精神疾病住院补助90％住院费用的定点医院，严重精神障碍每年门诊补助3000元定点医院。 [收起]