北京治疗先天性无阴道比较好的三甲医院有1、首都医科大学宣武医院，2、中国人民解放军火箭军总医院，3、北京市丰台中西医结合医院，4、北京医院，5、北京大学第一医院等，先天性无阴道属于外科，首都医科大学宣武医院外科疾病医疗设施齐全，在外科疾病治疗方面有着丰富的经验；中国人民解放军火箭军总医院外科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名首都医科大学宣武医院外科
首都医科大学宣武医院创建于1958年，是一所以神经科学和老年医学的临床与研究为重点，以治疗心脑血管疾患为特色，承担医疗、教育、科研、预防、保健和康复任务的大型三级甲等综合医院。是新中国神经科学的初创基地和培育神经科学人才的摇篮之一,在国内有着重要学术地位。受国家卫生部委托，医院承办全国神经内科医师进修班、神经外科医师进修班、神经放射医师进修班，是国家级继续医学教育培训基地。
第二名中国人民解放军火箭军总医院外科
医院位于北京市西城区新街口外大街16号，占地59亩，展开床位1100张，展开科室55个。拥有全军医学专科和专病中心5个（全军肝胆胃肠病专科中心、全军肛肠病专病中心，全军核辐射损伤医学监测与防治研究中心，全军脑卒中医疗救治研究中心、全军心理卫生指导中心），火箭军医学专科和专病中心10个；国家药物临床试验机构专业5个，博士后科研工作站1个。
第三名北京市丰台中西医结合医院外科
北京市丰台区长辛店医院建于1975年3月，是一所集医疗、预防、康复、科研、教学为一体的综合性二级医院。拥有25个临床科室、10个医技科室。在岗职工576人，其中专业技术人员487人，副高以上职称57人，医学硕士、博士(博士后)共90人，国家级名老中医传承人1人，市级名老中医传承人1人，区级名老中医传承人3人，院级名老中医传承人8人。
第四名北京医院外科
 　　北京医院的前身是德国医院，始建于1905年。现为国家卫生计生委直属的三级甲等医院，是中央的干部保健基地。北京医院是一所以高干医疗保健为中心、老年医学研究为重点 、向社会全面开放的融医疗、教学、科研、预防为一体的现代化大型综合性医院。 　　北京医院位于北京市中心，毗邻长安街、崇文门、台基厂、东交民巷。占地面积55800多平方米，建筑面积227788多平方米，现有床位1100张，职工2673人。...
第五名北京大学第一医院外科
北京大学第一医院(北大医院)位于北京老皇城内，是距离中南海最近的医院，是一所融医疗、教学、科研、预防为一体的大型综合性三级甲等医院。拥有着一批国内的首创专业学科以及在我国率先开展的诊疗技术，如国内首创小儿科(1940)、泌尿外科、肾脏病专业、综合医院心血管病房、小儿神经专业等。 [收起]