重庆治疗肛窦炎及肛乳头炎比较好的医院有1、重庆市中医院，2、重庆大学附属三峡医院，3、重庆市开县人民医院，4、重庆市第二人民医院，5、重庆市第九人民医院等，肛窦炎及肛乳头炎属于肛肠科，重庆市中医院肛肠科疾病医疗设施齐全，在肛肠科疾病治疗方面有着丰富的经验；重庆大学附属三峡医院肛肠科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
第一名重庆市中医院肛肠科
我院是重庆市规模最大、实力最强，集医疗、教学、科研、公益四项中心职能于一体的大型三级甲等中医龙头医院，是卫生部国际紧急救援中心网络医院、国家爱婴医院、国家药物临床试验机构、北京中医药大学非直属附属医院、成都中医药大学附属重庆中医院和第四临床医学院、首批国家中医药传承创新工程重点中医医院建设单位。医院荣登香港艾力彼“2017中医医院竞争力中医医院100强”排行榜第13位，位居西部前列。
第二名重庆大学附属三峡医院肛肠科
重庆三峡中心医院始建于1929年，目前已成为集医疗、教学、科研、预防、保健为一体的大型综合性三级甲等医院，辐射渝、鄂、川、陕，承担着周边23个区县的公共医疗救治任务，年门诊量235.12万人次，年出院病人8.2万人，年手术台次3.24万，是全国首家通过新三甲复评检查的区级医院，成功获得国家药物临床试验机构资格，拥有“全国文明单位”、“全国百佳医院”、“全国卫生系统先进集体”等省级以上荣誉110余项。
第三名重庆市开县人民医院肛肠科
重庆市开县人民医院始建于1940年，是一所与市级科研机构——重庆市三峡库区自然疫源性疾病临床防治研究所实行院所合一管理的大型综合性三级医院。现为重庆医科大学等三所医学院校教学医院，三峡医药高等专科学校非直属附属医院，重庆市住院医师规范化培训基地，是全县120急救中心。
第四名重庆市第二人民医院肛肠科
重庆医科大学附属永川医院（重庆市第二人民医院、重庆医科大学第五临床学院）是一所集医疗、急救、预防保健、康复、教学和科研为一体的国家三级甲等综合性医大附属医院。是国家卫生健康委员会认定的国际紧急救援中心网络医院、重庆市规划的区域性医疗中心，重庆市急救医疗中心永川分中心，医保跨省异地就医联网即时结算定点医疗机构。是国家卫生健康委住院医师、临床药师规范化培训基地、国家药物临床试验机构、中国胸痛中心、国家高级卒中中心、重庆市护士规范化培训基地、重庆市医师资格考试实践技能考试基地、重庆市首批住院医师规范化培训结业考核技能考核基地。
第五名重庆市第九人民医院肛肠科
重庆市第九人民医院位于缙云山麓、嘉陵江畔的北碚主城区内。其前身为卢作孚先生1927年创办的峡区地方医院。抗战爆发后，国立江苏医学院（今南京医科大学）于1939年搬迁到此，其附属医院（今江苏省人民医院）也在此开诊。1953年医院正式命名为“重庆市第九人民医院”隶属重庆市卫生局。1994年医院成为重庆市医疗急救分中心。 [收起]